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[ Paquet source : r-bioc-txdbmaker ]
Paquet : r-bioc-txdbmaker (1.2.1 ds-1)
Liens pour r-bioc-txdbmaker
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source r-bioc-txdbmaker :
- [r-bioc-txdbmaker_1.2.1 ds-1.dsc]
- [r-bioc-txdbmaker_1.2.1 ds.orig.tar.xz]
- [r-bioc-txdbmaker_1.2.1 ds-1.debian.tar.xz]
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [bioconductor.org]
Paquets similaires :
Paquet « expérimental »
Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale
. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog
) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.
Tools for making TxDb objects from genomic annotations
A set of tools for making TxDb objects from genomic annotations from various sources (e.g. UCSC, Ensembl, and GFF files). These tools allow the user to download the genomic locations of transcripts, exons, and CDS, for a given assembly, and to import them in a TxDb object. TxDb objects are implemented in the GenomicFeatures package, together with flexible methods for extracting the desired features in convenient formats.
Autres paquets associés à r-bioc-txdbmaker
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- dep: r-api-4.0
- Paquet indisponible
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- dep: r-api-bioc-3.20
- paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
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- dep: r-bioc-annotationdbi
- GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor
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- dep: r-bioc-biobase
- fonctions de base pour Bioconductor
-
- dep: r-bioc-biocgenerics
- generic functions for Bioconductor
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- dep: r-bioc-biocio
- standard input and output for Bioconductor packages
-
- dep: r-bioc-biomart (>= 2.59.1)
- interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)
-
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.39.9)
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
-
- dep: r-bioc-genomicfeatures
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
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- dep: r-bioc-genomicranges
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
-
- dep: r-bioc-iranges
- conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
-
- dep: r-bioc-rtracklayer
- GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
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- dep: r-bioc-s4vectors
- BioConductor S4 implementation of vectors and lists
-
- dep: r-bioc-ucsc.utils
- Low-level utilities to retrieve data from the UCSC Genome Browser
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- dep: r-cran-dbi
- paquet de GNU R fournissant une interface généraliste de base de données
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- dep: r-cran-httr
- GNU R tools for working with URLs and HTTP
-
- dep: r-cran-rjson
- GNU R package for converting between R and JSON objects
-
- dep: r-cran-rsqlite (>= 2.0)
- Database Interface R driver for SQLite
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- sug: r-bioc-biocstyle
- standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
-
- sug: r-bioc-ensembldb
- GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database
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- sug: r-cran-knitr
- GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
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- sug: r-cran-rmariadb
- Database Interface and 'MariaDB' Driver
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- sug: r-cran-runit
- paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires
Télécharger r-bioc-txdbmaker
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|
| all | 722,7 ko | 3 053,0 ko | [liste des fichiers] |