Paquet : pirs (2.0.2 dfsg-8)
Liens pour pirs
Ressources Debian :
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Télécharger le paquet source pirs :
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.
The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.
The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.
To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.
Autres paquets associés à pirs
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- dep: fonts-liberation
- police de caractères similaire à Times, Arial et Courier
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- dep: gnuplot
- programme de tracé interactif en ligne de commande
un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: libgzstream0 (>= 1.5 dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C iostream
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- dep: libstdc 6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C de GNU v3
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- dep: pirs-profiles
- profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- Bibliothèque de compression - binaires
Télécharger pirs
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| arm64 | 101,6 ko | 351,0 ko | [liste des fichiers] |