Paquet : phyml (3:3.3.20180621-2)

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

PhyML est un logiciel qui estime la probabilité maximale de phylogénies à partir d'alignements de séquences de nucléotides ou d'acides aminés . Il fournit de nombreuses options qui ont été conçues pour faciliter les analyses phylogénétiques classiques. Les principales forces du logiciel PhyML reposent sur la grande quantité de modèles de substitution couplés avec de nombreuses options pour rechercher l'espace des topologies d'arbres phylogénétiques, allant de méthodes très rapides et efficaces à des approches moins rapides mais généralement plus précises. Il met également en œuvre deux méthodes pour évaluer les supports de branches dans une structure statistique fiable (le test du ratio de l'amorçage sans paramètre et de la probabilité approximative).

Le logiciel PhyML a été conçu pour traiter des ensembles de données modérés à volumineux. En théorie, les alignements jusqu'à 4 000 séquences de 2 000 000 symboles de longueur peuvent être analysés. Cependant, en pratique, la quantité de mémoire nécessaire pour traiter un ensemble de données est proportionnelle au produit du nombre de séquences par leur longueur. Par conséquent, un grand nombre de séquences peuvent seulement être traitées pour autant qu'elles soient courtes. Le logiciel PhyML peut aussi manipuler des séquences longues mais peu nombreuses. Avec les ordinateurs personnels les plus classiques, la « zone de confort » du logiciel PhyML se situe généralement entre 3 et 500 séquences de moins de 2 000 symboles de longueur.

Ce paquet fournit aussi PhyTime.

Étiquettes: Biologie: Protéines, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::analysing, But: Comparaison, Fonctionne avec: Séquence biologique

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