Paquet : openbabel (2.4.1 dfsg-3)

boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande

Open Babel est une boite à outils dans le domaine de la chimie. Elle a été conçue pour prendre en charge les nombreux langages des données chimiques. Elle permet de rechercher, convertir, analyser ou bien stocker les données de modélisation moléculaire, de chimie, de matériaux solides, de biochimie ou de domaines connexes. Les fonctionnalités comprennent :

 − ajout ou suppression d'hydrogène ;
 − gestion de la dynamique moléculaire ;
 − gestion de la syntaxe de reconnaissance moléculaire SMARTS ;
 − perception automatique des propriétés (cycles, liaisons,
    hybridation ou aromaticité) ;
 − typage flexible des atomes et perception des liaisons multiples
    d'après les coordonnées atomiques ;
 − calcul de charge partielle de Gasteiger-Marsili.

Les formats de fichier traités par Open Babel comprennent : PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL, Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC et MPQC.

Ce paquet comprend les utilitaires suivants :

 – babel : conversion entre divers formats de fichiers de chimie ;
 – obenergy : calcul de l'énergie d'une molécule ;
 – obminimize : optimisation de la géométrie, minimisation de l'énergie
                d'une molécule ;
 – obgrep : programme de recherche moléculaire utilisant le modèle
            SMARTS ;
 – obgen : génération des coordonnées en 3D d'une molécule ;
 – obprop : affichage des propriétés standard d'une molécule ;
 – obfit : superposition de deux molécules à partir d'un modèle ;
 – obrotamer : génération de coordonnées de conformères ou rotamères ;
 – obconformer : génération de conformères de faible énergie ;
 – obchiral : affichage des informations de chiralité moléculaire ;
 – obrotate : notation d’angle dièdre de molécules en mode automatique
              (batch) ;
 – obprobe : création d’une grille de sonde électrostatique.

Étiquettes: Domaine: Chimie, Mis en œuvre en: C , Interface utilisateur: interface::commandline, role::program, Champ d'application: Utilitaire, But: Conversion de données

Cette page est uniquement disponible dans les langues suivantes (Comment configurer la langue par défaut du document) :