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Paquet : cain (1.10 dfsg-3)

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simulations de réactions chimiques

Cain réalise des simulations stochastiques et déterministes de réactions chimiques. Il peut lancer plusieurs processus de simulation pour tirer parti des ordinateurs à plusieurs cœurs. Il stocke les modèles et les sorties de simulations (populations et comptes de réaction) au format XML. De plus, des modèles SBML peuvent être importés et exportés. Les modèles et méthodes peuvent être lus à partir de fichiers d'entrée ou édités dans le programme.

L'interface graphique est écrite en Python et utilise la boîte à outils wxPython. La plupart des solveurs sont implémentés comme des exécutables en ligne de commande écrits en C et appelés par Cain. Cela simplifie le lancement de tâches par lots. Cela simplifie également l'ajout de nouveaux solveurs. Cain propose les solveurs suivants : 

 – la méthode directe de Gillespie ;
 – la méthode de première réaction de Gillespie ;
 – la méthode de prochaine réaction de Gibson et Bruck ;
 – le tau-leaping ;
 – la méthode hybride direct/tau-leaping ;
 – l'intégration ODE.

Ce paquet fournit les fichiers indépendants de l'architecture pour cain.

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