Paquet : last-align (963-2)

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Paquets similaires :

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences, typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :

 - la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
 - la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
    génome.

La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c , Rôle: Programme

Autres paquets associés à last-align

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.17)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc 6 (>= 6)

bibliothèque standard C de GNU v3
dep: parallel

build and execute command lines from standard input in parallel
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: python

langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
rec: python-pil

Python Imaging Library (fourche de Pillow)

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