Paquet : ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

« Electronic PCR » (« e-PCR ») est une procédure de calcul utilisée pour tester la présence de séquences uniques d'ADN (en anglais : STS, sequence tagged sites) dans une séquence génomique. e-PCR recherche de potentielles STS dans des séquences génomiques en recherchant des sous-séquences très similaires aux amorces de PCR (en anglais : Polymerase Chain Reaction) et correctement ordonnées, orientées et espacées qui puissent représenter les amorces PCR utilisées pour générer les STS connus.

La nouvelle version de E-PCR implémente une stratégie de reconnaissance floue. Pour réduire les chances qu'une vraie STS puisse être oubliée, des mots multiples et discontinus peuvent être utilisés au lieu d'un seul mot exact. Chacun de ces mots a des groupes de positions significatives séparés par des positions « joker » qui ne sont pas requises pour correspondre. De plus il est possible d'autoriser des trous dans les alignements de l'amorce.

La principale motivation pour implémenter une recherche inversée (« Reverse e-PCR ») était de rendre possible la recherche de séquence dans le génome humain et d'autres gros génomes. La nouvelle version de e-PCR fournit un mode de recherche utilisant une requête de séquence dans une base de données.

Ce programme est abandonné par l’amont et il est conseillé d’utiliser Primer-Blast (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) à la place.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c , interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::checking, use::searching, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

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