Paquet : gromacs-openmpi (2020.6-2)

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Ressources externes :

Page d'accueil [www.gromacs.org]

Paquets similaires :

simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI

GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface OpenMPI. Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation C, Bibliothèques, Domaine: Biologie, field::chemistry, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::devel-lib, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Fonctionne avec: Logiciel empaqueté

Autres paquets associés à gromacs-openmpi

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5)

bibliothèque de calcul des transformées de Fourier rapides — double précision
dep: libfftw3-single3 (>= 3.3.5)

bibliothèque de calcul des transformées de Fourier rapides — simple précision
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhwloc15 (>= 2.4.1 dfsg)

Hierarchical view of the machine - shared libs
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc 6 (>= 10.2) [armel]

bibliothèque standard C de GNU v3

dep: libstdc 6 (>= 5.2) [amd64, i386, ppc64el]

dep: libstdc 6 (>= 6) [non amd64, armel, i386, ppc64el]
dep: neon-support [armhf]

prevent installation on processors without required instructions
dep: openmpi-bin (>= 1.2.3)

high performance message passing library -- binaries
dep: sse2-support [i386]

prevent installation on processors without required instructions
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: gromacs

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

sug: gromacs-data

simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation

Télécharger gromacs-openmpi

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	6 706,4 ko	18 087,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	5 312,4 ko	14 429,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3 418,7 ko	11 927,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3 221,0 ko	8 735,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5 969,2 ko	18 371,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3 764,4 ko	14 581,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	3 905,4 ko	14 117,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4 391,1 ko	14 645,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3 280,8 ko	13 059,0 ko	[liste des fichiers]