Paquet : ea-utils (1.1.2 dfsg-6)

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Paquets similaires :

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Autres paquets associés à ea-utils

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armhf, i386, mipsel]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgsl25 (>= 2.6)

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libstdc 6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C de GNU v3
dep: r-base-core

noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
dep: r-cran-formula

GNU R package for extended model formulas
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

fonctions diverses de GNU R créées par Franck Harell
dep: r-cran-lattice

paquet GNU R pour les graphes « Trellis »
dep: r-cran-survival

paquet GNU R pour l'analyse de survie
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: med-config (>= 2.1)

paquet de configuration générale de Debian Med

Télécharger ea-utils

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	214,0 ko	740,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	149,9 ko	532,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	146,2 ko	417,0 ko	[liste des fichiers]
i386	226,0 ko	749,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	214,6 ko	853,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	216,7 ko	809,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	176,9 ko	916,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	151,2 ko	580,0 ko	[liste des fichiers]