Paquet : clonalframeml (1.12-1)

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

ClonalFrameML est un paquet logiciel qui réalise une inférence efficace de recombinaison dans les génomes bactériens. ClonalFrameML a été créé par Xavier Didelot et Daniel Wilson. ClonalFrameML peut être appliqué à tout type de données de séquence alignée, mais est particulièrement prévu pour l’analyse de séquences de génomes entiers. Il est capable de comparer des centaines de génomes entiers en quelques heures sur un machine de bureau standard. ClonalFrameML produit trois sorties principales : une phylogénie avec des longueurs de branches corrigées pour tenir compte des recombinaisons, une estimation des paramètres clé du processus de recombinaison et une carte génomique d’où les recombinaisons se sont produites pour chaque branche de la phylogénie.

ClonalFrameML est une implémentation de vraisemblance maximale du logiciel bayésien ClonalFrame précédemment décrit par Didelot et Falush (2007). Le modèle de recombinaison servant de base à ClonalFrameML est exactement le même que pour ClonalFrame, mais cette nouvelle implémentation est beaucoup plus rapide, est capable de gérer des ensembles de données génomiques bien plus grands, et ne souffre pas de problèmes de convergence MCMC.

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