Paquets logiciels dans « bullseye », Sous-section science

3depict (0.0.22-2 b4)

visualisation et analyse pour des données de point à valeurs uniques

abacas (1.3.1-9)

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

abacas-examples (1.3.1-9)

données d’exemple pour abacas pour combler les trous dans les alignements génomiques

abinit (9.2.2-1)

paquet pour les calculs de structure électronique

abyss (2.2.5 dfsg-1)

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

acedb-other (4.9.39 dfsg.02-5)

Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

acedb-other-belvu (4.9.39 dfsg.02-5)

paquet de transition pour belvu

acedb-other-belvu

paquet virtuel fourni par belvu

acedb-other-dotter (4.9.39 dfsg.02-5)

paquet de transition pour dotter

acedb-other-dotter

paquet virtuel fourni par dotter

aces3 (3.0.8-7)

concepts avancés en structure électronique III

aces3-data (3.0.8-7)

concepts avancés en structure électronique III

achilles (2-10)

simulateur de vie artificielle et d'évolution

adapterremoval (2.3.1-3)

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

adapterremoval-examples (2.3.1-3)

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes – données d'exemple

adms (2.3.6-3)

synthétiseur automatique de modèle de périphérique pour Verilog-AMS

adun-core (0.81-14)

simulateur moléculaire

aegean (0.16.0 dfsg-2)

boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

aeskulap (0.2.2-beta2 git20190406.ef77f01-3 b1)

Afficheur d'images médicales et client réseau DICOM

aevol (5.0 ds-2)

modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

aghermann (1.1.2-3 b1)

gestionnaire d'expérimentation de recherche sur le sommeil

aladin (11.024 dfsg2-1)

atlas interactif du ciel pour des images et ensembles de données astronomiques

alfa (2.1-1)

algorithme d'ajustement de ligne automatisé

algotutor (0.8.6-4)

programme d'observation des étapes intermédiaires d'un algorithme

alien-hunter (1.7-8)

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

allelecount (4.2.1-1)

algorithmes pour le compte de copies NGS

altree (1.3.1-10 b1)

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

altree-examples (1.3.1-10)

fichiers d'exemple pour ALTree

amap-align (2.2 git20080214.600fc29 dfsg-2)

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

ampliconnoise (1.29-9)

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

andi (0.13-3 b1)

estimation efficace de distances d'évolution

anfo (0.98-8)

aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

aoflagger (3.0.0-2 b3)

découverte des RFI dans les observations radioastronomiques

apbs (3.0.0 dfsg1-3 b1)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

apbs-data (3.0.0 dfsg1-3)

fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)

apertium-af-nl (0.3.0-2)

paquet factice de transition pour apertium-afr-nld

apertium-afr-nld (0.3.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'afrikaans et le néerlandais

apertium-anaphora (1.0.2-1)

module de résolution d'anaphores pour Apertium

apertium-apy (0.11.7-2)

service APY d'Apertium

apertium-arg-cat (0.2.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'aragonais et le catalan

apertium-bel-rus (0.2.1-1)

données d’Apertium pour les traductions entre le biélorusse et le russe

apertium-br-fr (0.5.1-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le breton et le français

apertium-ca-it (0.2.1-3)

paquet factice de transition pour apertium-cat-ita

apertium-cat-ita (0.2.1-3)

données Apertium pour les traductions entre le catalan et l'italien

apertium-cat-srd (1.1.0-1)

données d'Apertium pour les traductions entre le catalan et le sarde

apertium-crh-tur (0.3.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le tatar de Crimée et le turc

apertium-cy-en (0.1.1~r57554-7)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le gallois et l'anglais

apertium-dan-nor (1.4.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le danois et le norvégien

apertium-dev (3.7.1-1)

outils et bibliothèque de développement pour Apertium

apertium-en-gl (0.5.2~r57551-3)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le galicien

apertium-eng-cat (1.0.1-4)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le catalan

apertium-eo-en (1.0.0~r63833-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et l'anglais

apertium-eo-fr (0.9.1-1)

données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et le français

apertium-es-ast (1.1.0~r51165-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'asturien

apertium-es-it (0.2.0~r78826-2.1)

paquet factice de transition pour apertium-spa-ita

apertium-eu-en (0.3.1~r56205-3)

données Apertium pour les traductions entre le basque et l'anglais

apertium-eval-translator (1.2.1-2)

évaluation de sortie de traduction automatique par rapport à une référence

apertium-fra-cat (1.9.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le français et le catalan

apertium-get (1.0.0-2)

assistant pour les langues et les pairs d'Apertium et Giellateckno

apertium-hbs-eng (0.5.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et l'anglais

apertium-hbs-mkd (0.1.0~r76450-4)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le macédonien

apertium-hbs-slv (0.5.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le slovénien

apertium-hin (0.1.0~r59158-2.1)

données simples Apertium pour le hindi

apertium-id-ms (0.1.2-3)

paquet factice de transition pour apertium-ind-zlm

apertium-ind-zlm (0.1.2-3)

données Apertium pour les traductions entre l'indonésien et le malais

apertium-is-sv (0.1.0~r76450-3)

données Apertium pour les traductions entre l'islandais et le suédois

apertium-isl (0.1.0~r65494-2.1)

données simples Apertium pour l'islandais

apertium-isl-eng (0.1.0~r66083-3)

données Apertium pour les traductions entre l'islandais et l'anglais

apertium-ita (0.10.0~r82237-2.1)

données simples Apertium pour l'italien

apertium-kaz-tat (0.2.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le kazakh et le tatar

apertium-lex-tools (0.2.7-1)

Constraint-based lexical selection module

apertium-mk-bg (0.2.0~r49489-3)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et le bulgare

apertium-mk-en (0.1.1~r57554-3)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et l'anglais

apertium-mlt-ara (0.2.0~r62623-2.1)

données Apertium pour les traductions entre le maltais et l'arabe

apertium-nno-nob (1.3.0-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le norvégien Nynorsk et le norvégien Bokmål

apertium-oci-fra (0.3.0-3)

données de traduction d’Apertium pour la paire occitan-français

apertium-pol-szl (0.2.1-2)

données d’Apertium pour les traductions entre le polonais et le silésien

apertium-por-cat (0.10.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le portugais et le catalan

apertium-recursive (1.0.1-1)

module de transfert structural récursif pour Apertium

apertium-rus-ukr (0.2.1-2)

données d’Apertium pour les traductions entre le russe et l'ukrainien

apertium-separable (0.3.6-2)

réordonnancement de multimots séparables ou non contigus

apertium-sme-nob (0.6.1 ds.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le sámi et le bokmål

apertium-spa (1.1.0~r79716-2.1)

données simples Apertium pour l'espagnol

apertium-spa-arg (0.5.0-1)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'aragonais

apertium-spa-cat (2.2.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et le catalan

apertium-spa-ita (0.2.0~r78826-2.1)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'italien

apertium-srd-ita (1.1.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le sarde et l'italien

apertium-swe-dan (0.8.1-2)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le suédois et le danois

apertium-swe-nor (0.3.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le suédois et le norvégien

apertium-urd (0.1.0~r61311-2.1)

données simples Apertium pour l’ourdou

apertium-urd-hin (0.1.0~r64379-2.1)

données Apertium pour les traductions entre l'ourdou et le hindi

aragorn (1.2.38-4)

détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

arb (6.0.6-4) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - main program

arb-common (6.0.6-4) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - common files

arden (1.0-5)

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

ariba (2.14.6 ds-1 b2)

identification de résistance antibiotique par assemblage

art-nextgen-simulation-tools (20160605 dfsg-4 b1)

outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

art-nextgen-simulation-tools-profiles (20160605 dfsg-4)

profils pour les outils de simulation ART

artemis (18.1.0 dfsg-3)

navigateur de génome et outil d'annotation

artfastqgenerator (0.0.20150519-4)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

artfastqgenerator-examples (0.0.20150519-4)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence –⋅exemples

asdftool (2.7.2-1)

outil en ligne de commande pour manipuler les fichiers de données scientifiques ASDF

ase (3.21.1-2)

environnement de simulation atomique

assembly-stats (1.0.1 ds-3)

obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

assemblytics (1.0 ds-2)

détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

astro-tasks (3.0)

mélange exclusif Debian Astronomy (tâches de tasksel)

astromatic (1.2)

collection logicielle d'infrastructure astronomique

astrometry-data-2mass (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader

astrometry-data-2mass-00 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2'-2.8')

astrometry-data-2mass-01 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2.8'-4')

astrometry-data-2mass-02 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (4'-5.6')

astrometry-data-2mass-03 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (5.6'-8')

astrometry-data-2mass-04 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (8'-11')

astrometry-data-2mass-05 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (11'-16')

astrometry-data-2mass-06 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (16'-22')

astrometry-data-2mass-07 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (22'-30')

astrometry-data-2mass-08-19 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (30'-2000')

astrometry-data-tycho2 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net

astrometry-data-tycho2-07 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry.net (0.82 dfsg-1)

solveur de plaque photographique astrométrique

astronomical-almanac (5.6-7)

almanach astronomique - calcul de positions d'étoiles et de planètes

astropy-utils (4.2-6)

outils en ligne de commande d'astropy

atac (0~20150903 r2013-8 b1)

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

ataqv (1.2.1 ds-1 b1)

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

atropos (1.1.29 dfsg-1)

Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

augur (11.0.0-1)

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

augustus (3.4.0 dfsg2-2)

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

augustus-data (3.4.0 dfsg2-2)

fichiers de données pour AUGUSTUS

autodock (4.2.6-8)

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

autodock-getdata (4.2.6-8)

instructions pour collecter des données pour getData

autodock-test (4.2.6-8)

fichiers de test pour AutoDock

autodock-vina (1.1.2-6 b1)

chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

autogrid (4.2.6-8)

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

autogrid-test (4.2.6-8)

fichiers de test pour AutoGrid

avce00 (2.0.0-8)

conversion de couverture vectorielle Arcinfo d’ESRI (binaire) au format E00

avogadro (1.93.0-2)

système de modélisation et d'imagerie moléculaire

avogadro-utils (1.93.1-3)

système de modélisation et d'imagerie moléculaire –⋅bibliothèque

axe-demultiplexer (0.3.3 dfsg-3)

démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

bagel (1.2.2-2)

paquet de chimie computationnelle

baitfisher (1.2.7 git20190123.241d060 dfsg-1)

paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

bali-phy (3.6.0 dfsg-1)

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

ballview (1.5.0 git20180813.37fc53c-6 b3)

modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

bamkit (0.0.1 git20170413.ccd079d-2)

tools for common BAM file manipulations

bamtools (2.5.1 dfsg-9)

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

bandage (0.8.1-4)

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

bandage-examples (0.8.1-4)

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo – données

barrnap (0.9 dfsg-2)

prédiction ribosomale rapide d'ARN

bart (0.6.00-3 deb11u1)

outils pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle

bart

paquet virtuel fourni par bart-cuda

bart-cuda (0.6.00-1 deb11u1) [contrib]

tools for computational magnetic resonance imaging

bart-view (0.1.00-4)

visualisateur de données multidimensionnelles et de valeur complexe

bbmap (38.90 dfsg-1)

short read aligner and other bioinformatic tools

bbmap-jni (38.90 dfsg-1)

short read aligner and other bioinformatic tools - JNI library

bcalm (2.2.3-1)

de Bruijn compaction in low memory

bcbio (1.2.5-1) [contrib]

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

bcftools (1.11-1)

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

beads (1.1.20-2)

détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel

beagle (5.1-200518 dfsg-1)

appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

beast-mcmc (1.10.4 dfsg-2)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

beast2-mcmc (2.6.3 dfsg-2)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

bedops (2.4.39 dfsg1-2)

opérations génomiques à haute performance

bedtools (2.30.0 dfsg-1)

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

bedtools-test (2.30.0 dfsg-1)

données de test pour le paquet bedtools

belvu (4.44.1 dfsg-6 b1)

visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

berkeley-express (1.5.3 dfsg-1 b4)

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

bio-eagle (2.4.1-3 b1)

phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

bio-eagle-examples (2.4.1-3)

exemples pour bio-eagle

bio-rainbow (2.0.4 dfsg-2)

partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

bio-vcf (0.9.5-2)

langage dédié pour le traitement du format VCF

biobambam2 (2.0.179 ds-1)

tools for early stage alignment file processing

biogenesis (0.8-3.1)

programme de vie artificielle pour simuler l’évolution d’organismes

bioperl (1.7.7-2)

outils en Perl pour la bio-informatique

bioperl-run (1.7.3-6)

scripts d'enveloppe BioPerl

biosig-tools (2.1.2-4)

outils de conversion entre différents formats de données médicales

biosquid (1.9g cvs20050121-12)

utilitaire d'analyse de séquences biologiques

biosyntax (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

biosyntax-common (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – fichiers communs

biosyntax-example (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – exemple

biosyntax-gedit (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon gedit

biosyntax-less (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon less

biosyntax-vim (1.0.0b-2)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon vim

bist (0.5.2-1.2)

outil de dessin chimique

bitseq (0.7.5 dfsg-5)

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

bitwise (0.41-1)

opérations bit à bit interactives en ncurses

blasr (5.3.3 dfsg-5)

correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

blimps-utils (3.9 ds-1) [non-free]

blocks database improved searcher

blixem (4.44.1 dfsg-6 b1)

navigateur interactif d’alignements de séquences

bmt (0.6-1.1)

boîte à outils de mesure de performances d'analyse logicielle

bodr (10-2)

dépôt de données Blue Obelisk

bolt-lmm (2.3.4 dfsg-3)

test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

bolt-lmm-example (2.3.4 dfsg-3)

exemples pour bolt-lmm

boolector (1.5.118.6b56be4.121013-1 b1)

solveur SMT pour les vecteurs de bits et les tableaux

bornagain (1.18.0-1 b1)

Simulate and fit X-ray and neutron GISAXS -- binary

bowtie (1.3.0 dfsg1-1)

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie-examples (1.3.0 dfsg1-1)

exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

bowtie2 (2.4.2-2 b3 [amd64, arm64, ppc64el], 2.4.2-2 b2 [mips64el])

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie2-examples (2.4.2-2)

exemples pour bowtie2

boxshade (3.3.1-14)

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

bppphyview (0.6.1-2)

afficheur phylogénétique pour Bio

bppsuite (2.4.1-3)

suite de programmes Bio

bppsuite-examples (2.4.1-3)

exemples pour la suite de programmes Bio

brig (0.95 dfsg-3)

générateur d'images circulaires BLAST

busco (5.0.0-1)

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

bustools (0.40.0-4)

manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

bwa (0.7.17-6 b1)

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

c2x (2.35a ds-1)

converter between DFT electronic structure codes formats

cafeobj (1.6.0-2)

langage de spécification et programmation algébrique de nouvelle génération

cafeobj-mode (1.6.0-2)

mode majeur Emacs pour modifier du code source CafeOBJ

caffe (1.0.0 git20180821.99bd997-8 b2)

outils pour le cadriciel ouvert et rapide d'apprentissage profond –⋅CPU_ONLY

caftools (2.0.3-1) [non-free]

maintenance of DNA sequence assemblies

calculix-ccx (2.17-3)

programme d'éléments finis structurels en trois dimensions

calculix-cgx (2.17 dfsg-2)

pré et postprocesseur tridimensionnel pour les modèles à éléments finis

callisto (1.1.0-2 b1)

démon pour le matériel e-Callisto

camitk-actionstatemachine (4.1.2-4)

application pour rejouer les flux d'actions pour la bibliothèque CamiTK

camitk-config (4.1.2-4)

boîte à outils d'intervention médicale assistée par ordinateur – configuration

camitk-imp (4.1.2-4)

banc de test pour la bibliothèque CamiTK

canu (2.0 dfsg-1)

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

casacore-data-igrf (12-1)

données de champ de référence géomagnétique international pour casacore

casacore-data-jpl-de200 (2007.07.05 ds.1-1)

éphéméride de développement DE200 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-jpl-de405 (2007.07.05 ds.1-1)

éphéméride de développement DE405 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-lines (0 git2016.11.26-2)

table de fréquences de ligne spectrale pour casacore

casacore-data-observatories (0 git2018.12.08-2)

table des coordonnées d'observatoires radio

casacore-data-sources (2-2)

table de coordonnées de sources de référence ICRF2 pour casacore

casacore-data-tai-utc (1.3)

table de différente entre TAI et UTC pour casacore

casacore-tools (3.3.0-4 b3)

outils construits avec CASA

cassbeam (1.1-3)

modélisation des antennes Cassegrain

cassiopee (1.0.9-3 b1)

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

cat-bat (5.2.2-1)

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

cba (0.3.6-5)

analyse de poutres continues

cbflib-bin (0.9.6 dfsg1-2 b2)

utilitaires de manipulation de fichiers CBF

cbmc (5.12-5)

vérificateur de modèle borné pour les programmes C et C

cclib (1.6.2-2)

analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle

cclib-data (1.6.2-2) [non-free]

Parsers and algorithms for computational chemistry (data files)

cct (1:1.0.0-1)

comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

cct-examples (1:1.0.0-1)

données d’exemple pour tester le paquet cct

cd-hit (4.8.1-3)

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

cdbfasta (1.00 git20181005.014498c dfsg-2)

indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

centrifuge (1.0.3-8)

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

cg3 (1.3.2-1)

outils pour utiliser la troisième édition de Constraint Grammar (CG-3)

cg3-dev (1.3.2-1)

Metapackage providing both CG-3 CLI dev tools and dev library

cgns-convert (3.4.0-3)

système de notation générale CFD — outils de conversion

cgview (0.0.20100111-7)

visionneuse de génome circulaire

ch5m3d (1.2.5 dfsg-2.1)

création et visualisation de dessins en 3D de molécules simples

changeo (1.0.2-1)

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

checkit-tiff (0.2.3-2)

vérificateur de conformité pour les images au format TIFF élémentaire

chemical-structures (2.2.dfsg.0-18)

service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts

chemical-structures-data (2.2.dfsg.0-18)

jeu de structures moléculaires dans des formats ouverts

chemps2 (1.8.10-2)

exécutable pour appeler libchemps2-3 depuis la ligne de commande

chemtool (1.6.14-6)

programme de dessin de structures chimiques

chimeraslayer (20101212 dfsg1-4)

détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

chip-seq (1.5.5-3)

outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq

chip-seq-data (1.5.5-3)

tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)

chromhmm (1.21 dfsg-1)

découverte et caractérisation d’état de chromatine

chromimpute (1.0.3 dfsg-2)

attribution d’épigénome systématique à grande échelle

cif-linguist (0.4.2-2)

transformation de données entre formats et dialectes de CIF

cif-tools (1.0.0-3 b1)

Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files

circlator (1.5.6-5)

circularisation d'assemblages de génomes

circos (0.69.9 dfsg-2)

outil de dessin pour visualiser des données

circos-tools (0.23-1)

Traceur pour visualisation de données — utilitaires auxiliaires

ckon (0.7.1-3 b7 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x], 0.7.1-3 b6 [mips64el])

outil de compilation automatique pour le logiciel d'analyse de données ROOT

clearcut (1.0.9-6)

reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

clonalframe (1.2-10 b1)

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

clonalframeml (1.12-1)

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

clonalorigin (1.0-4)

inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

clustalo (1.2.4-7)

programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

clustalw (2.1 lgpl-7)

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

clustalx (2.1 lgpl-9)

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

cluster3 (1.59 ds-3) [non-free]

Reimplementation of the Eisen-clustering software

cmor-tables (3.3-1.1)

tables MIP pour la bibliothèque de réécriture de sortie de modèle de climat

cmtk (3.3.1p1 dfsg-2 b1)

boîte à outils de morphométrie computationnelle

cnvkit (0.9.8-1)

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

cod-tools (3.1.0 dfsg-3)

tools for manipulating CIF format files

code-saturne (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD)

code-saturne-bin (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD) – exécutables

code-saturne-data (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – données

code-saturne-doc (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – documentation

code-saturne-include (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – fichiers d'inclusion

codonw (1.4.4-6)

analyse de correspondance d'utilisation de codon

coinor-cbc (2.10.5 ds1-3)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR

coinor-clp (1.17.5 repack1-1)

solveur de programmation linéaire COIN-OR

coinor-csdp (6.2.0-3)

paquet logiciel de programmation semi-définie – binaires

coinor-libcbc3 (2.10.5 ds1-3)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcgl1 (0.60.3 repack1-2)

bibliothèque de génération de coupes COIN-OR

coinor-libclp1 (1.17.5 repack1-1)

solveur de programmation linéaire COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcoinutils3v5 (2.11.4 repack1-1)

collection de classes utilitaires de COIN-OR – exécutables et bibliothèques

coinor-libosi1v5 (0.108.6 repack1-2)

interface de solveur ouverte COIN-OR

coinor-libsymphony3 (5.6.16 repack1-3)

solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes – bibliothèques partagées

coinor-libvol1 (1.5.4-4)

Coin-or linear programming solver (libraries)

coinor-symphony (5.6.16 repack1-3)

solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes

colmap (3.6 really3.6-1)

Structure-from-Motion et Multi-View Stereo

comet-ms (2019015 cleaned1-3)

moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)

concavity (0.1 dfsg.1-5)

prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

conda-package-handling (1.7.2-2 deb11u1)

création et extraction de paquets conda de différents formats

connectome-workbench (1.5.0-1)

outil de visualisation du cerveau, d'analyse et de découverte

conservation-code (20110309.0-8)

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

covtobed (1.2.0 dfsg-1)

conversion de « track » de couverture d’un fichier BAM dans un fichier BED

covtobed-examples (1.2.0 dfsg-1)

données d’exemple et scripts pour mindthegap

cp2k (8.1-9)

Ab Initio Molecular Dynamics

cp2k-data (8.1-9)

Ab Initio Molecular Dynamics (data files)

cpl-plugin-amber (4.4.0 dfsg-4)

tuyauterie de réduction de données pour l’instrument AMBER de l’ESO

cpl-plugin-amber-calib (4.4.0 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for AMBER

cpl-plugin-fors (5.5.6 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the FORS1/2 instruments

cpl-plugin-fors-calib (5.5.6 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for FORS2

cpl-plugin-giraf (2.16.7 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the GIRAFFE instrument

cpl-plugin-giraf-calib (2.16.7 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for GIRAFFE

cpl-plugin-hawki (2.4.8 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the HAWK-I instrument

cpl-plugin-hawki-calib (2.4.8 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for HAWK-I

cpl-plugin-muse (2.8.3 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the MUSE instrument

cpl-plugin-muse-calib (2.8.3 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for MUSE

cpl-plugin-naco (4.4.9 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the NaCo instrument

cpl-plugin-naco-calib (4.4.9 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline NaCo calibration data downloader

cpl-plugin-uves (6.1.3 dfsg-5)

ESO data reduction pipeline for the UVES instrument

cpl-plugin-uves-calib (6.1.3 dfsg-5) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for UVES

cpl-plugin-vimos (4.1.1 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the VIMOS instrument

cpl-plugin-vimos-calib (4.1.1 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VIMOS

cpl-plugin-visir (4.3.10 dfsg-5)

ESO data reduction pipeline for the VISIR instrument

cpl-plugin-visir-calib (4.3.10 dfsg-5) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VISIR

cpl-plugin-xshoo (3.5.0 dfsg-4)

ESO data reduction pipeline for the XSHOOTER instrument

cpl-plugin-xshoo-calib (3.5.0 dfsg-4) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for XSHOOTER

cpuinfo (0.0~git20200612.63b2545-2)

CPU INFOrmation library (binary utilities)

crac (2.5.2 dfsg-4)

integrated RNA-Seq read analysis

critterding (1.0-beta12.1-1.3 b1)

évolution de la vie artificielle

ctdconverter (2.1-3)

Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files

ctsim (6.0.2-5)

Simulateur de tomographie calculée

ctsim-help (6.0.2-5)

fichier d’aide en ligne pour CTSim

cufflinks (2.2.1 dfsg.1-8 b1) [non-free]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

cutadapt (3.2-2)

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

cwlformat (2021.01.05-1)

code formatter for Common Workflow Language

cwltool (3.0.20210124104916-3 deb11u1)

implémentation de la référence du langage Common Workflow

daligner (1.0 git20200727.ed40ce5-3)

alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

damapper (0.0 git20200322.b2c9d7f-3)

long read to reference genome mapping tool

darknet (0.0.0 git20180914.61c9d02e-2 b2)

réseaux neuronaux au code source ouvert en C

dascrubber (1.1-2)

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

datalad (0.14.0-1)

data files management and distribution platform

datalad-container (1.1.2-1)

DataLad extension for working with containerized environments

dawg (1.2-3)

simulate the evolution of recombinant DNA sequences

dazzdb (1.0 git20201103.8d98c37-1 deb11u1)

manage nucleotide sequencing read data

dcl-f77 (7.4.1-1)

GFD-DENNOU Club Library (DCL) – version FORTRAN 77

dcm2niix (1.0.20201102-1)

convertisseur de dernière génération DICOM vers NIfTI

dcmtk (3.6.5-1)

utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM

debian-astro-logo (3.0)

logo du mélange exclusif Debian Astronomie

deepnano (0.0 git20170813.e8a621e-3.1)

alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences

deepnano-data (0.0 git20170813.e8a621e-3.1)

alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences (data)

delly (0.8.7-1)

découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

density-fitness (1.0.0-2)

Calculates per-residue electron density scores

dextractor (1.0-4)

(d)extractor and compression command library

dh-r (20210303)

outils d’aide de Debian pour empaqueter les bibliothèques R

dialign (2.2.1-11)

alignement de plusieurs séquences par segments

dialign-tx (1.0.2-13)

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

dialign-tx-data (1.0.2-13)

alignement de plusieurs séquences par segments – fichiers de données

diamond-aligner (2.0.7-1)

aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

dicomnifti (2.33.1-2)

Convertit les fichiers DICOM au format NIfTI

dimbl (0.15-2.1 b1)

apprentissage automatique distribué

discosnp (4.4.4-1)

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

disulfinder (1.2.11-10)

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

disulfinder-data (1.2.11-10)

fichiers de données pour la prédiction de pont disulfure dans les protéines

dlmodelbox (1.1.1-1)

Swiss Army Knife of Deep Learning Models

dnaclust (3-7 b2)

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

dnapi (1.1-3)

prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils

doris (5.0.3~beta dfsg-14) [contrib]

Delft object-oriented radar interferometric software

dotter (4.44.1 dfsg-6 b1)

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

dozzaqueux (3.51-2.1)

simulateur pour des mélanges chimiques

dozzaqueux-data (3.51-2.1)

databases for chemical mixtures

dpuser (4.0 dfsg-3)

Interactive language for handling numbers, strings, and matrices

drawxtl (5.5-5)

visionneur de structures cristallographiques

drop-seq-testdata (2.4.0 dfsg-6)

analyse de données de Drop-seq – données de test

drop-seq-tools (2.4.0 dfsg-6)

analyzing Drop-seq data

drslib (0.3.1.p3-2)

Command-line tools for the Data Reference Syntax library

dsdp (5.8-9.4)

logiciel pour la programmation semi-définie positive

dssp (4.0.0-2)

protein secondary structure assignment based on 3D structure

dwgsim (0.1.12-4)

simulateur de lectures courtes de séquençage

dx (1:4.4.4-13)

OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal

dxf2gcode (20170925-4)

dessins de pièces pour des machines-outils à commande numérique

dxsamples (4.4.0-5)

Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer

e-mem (1.0.1-4)

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

e00compr (1.0.1-6)

programme de lecture et écriture de fichiers compressés E00 d’Arcinfo

ea-utils (1.1.2 dfsg-6)

command-line tools for processing biological sequencing data

easychem (0.6-9)

trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité

ecaccess (4.0.1-1.1)

clients pour accéder aux fonctions du CEPMMT

ecflow-client (5.6.0-1 b2)

outils client pour des flux de travaux météorologiques

ecflow-server (5.6.0-1 b2)

contrôleur de flux de travaux météorologiques – serveur

ecopcr (1.0.1 dfsg-2)

estimate PCR barcode primers quality

edfbrowser (1.81 dfsg-1)

visualisateur pour les fichiers de stockage biomédicaux tels que BDF et EDF

edlib-aligner (1.2.6-1)

edlib sequence alignment tool using edit distance

edtsurf (0.2009-10)

surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

eigensoft (7.2.1 dfsg-2)

reduction of population bias for genetic analyses

elastix (4.9.0-2)

Boîte à outils pour le recalage rigide et non-rigide d'images

elk-lapw (6.3.2-2)

All-Electron Density-Functional Electronic Structure Code

elki (0.7.1-10.1)

cadriciel de développement pour des algorithmes d’exploration de données

elki-dev (0.7.1-10.1)

Data mining algorithm development framework - development files

elph (1.0.1-5)

DNA/protein sequence motif finder

embassy-domainatrix (0.1.660-4)

commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

embassy-domalign (0.1.660-4)

commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

embassy-domsearch (1:0.1.660-3)

commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

emboss (6.6.0 dfsg-9)

ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

emboss-data (6.6.0 dfsg-9)

fichiers de données pour le paquet EMBOSS

emboss-explorer (2.2.0-11)

interface web graphique pour EMBOSS

emboss-lib (6.6.0 dfsg-9)

EMBOSS Libraries

emmax (0~beta.20100307-1 b1 [amd64], 0~beta.20100307-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

cartographie génétique en fonction de la structure de la population

engauge-digitizer (12.1 ds.1-1)

extraction interactive des valeurs depuis des images bitmap ou des cartes

ent (1.2debian-3)

programme de test de séquences de nombres pseudo-aléatoires

epigrass (3.0.0 dfsg-1)

Outil scientifique pour la simulation et l'analyse de sénarios dans des réseaux épidémiologiques

epsilon-bin (0.9.2 dfsg-5)

bibliothèque pour la compression par ondelettes – outils

ergo (3.8-1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations

ergo-data (3.8-1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations - data package

eso-midas (19.02pl1.1-6)

ESO-Midas (European Southern Observatory — Munich Image Data Analysis System)

eso-midas-testdata (19.02pl1.1-6)

Test data files for ESO-MIDAS

eso-pipelines (1.3)

ESO VLT Instrument pipeline collection

esorex (3.13.3 ds-1)

outils d’exécution pour des automatismes de l’Observatoire européen austral

estscan (3.0.3-5)

détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

esys-particle (2.3.5 dfsg2-1 b2)

Software for particle-based numerical modelling (MPI version)

etsf-io (1.0.4-5)

Binary tools to check, merge and read ETSF files

examl (3.0.22-1 b4)

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

exonerate (2.4.0-5)

outil générique pour la comparaison de deux séquences

expeyes (4.8.8 repack-2)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

expeyes-clib (4.8.8 repack-2)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

eye (20.1027.2307~ds-1)

semantic web reasoning engine

eyes17 (4.8.8 repack-2)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

fast5 (0.6.5-4)

utilities for manipulating Oxford Nanopore Fast5 files

fasta3 (36.3.8h.2020-02-11-3 b2)

tools for searching collections of biological sequences

fastahack (1.0.0 dfsg-7)

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastaq (3.17.0-3)

outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

fastdnaml (1.2.2-15)

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

fastlink (4.1P-fix100 dfsg-4)

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

fastml (3.11-3)

reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

fastp (0.20.1 dfsg-1)

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

fastqc (0.11.9 dfsg-4)

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

fastqtl (2.184 dfsg-7 b4)

mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

fasttext (0.9.2-3 b2)

bibliothèque pour l’apprentissage efficace de représentation de mots et de classification de phrases

fasttree (2.1.11-2)

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

feedgnuplot (1.57-1)

frontal pour Gnuplot orienté tuyauterie (pipe)

ffindex (0.9.9.9-4)

index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

figtree (1.4.4-5)

visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

filtlong (0.2.0-2)

quality filtering tool for long reads of genome sequences

filtlong-data (0.2.0-2)

filtrage de lectures longues selon leur qualité de séquences de génome – données de test

firm-phoenix-ware (4.7.5 repack-1)

microprogramme nécessaires pour les systèmes publiés par le projet PHOENIX

fitgcp (0.0.20150429-4)

fitting genome coverage distributions with mixture models

fitscut (1.4.4-5 b1)

Extract cutouts from FITS image format files

fitsh (0.9.4-1)

Software package for astronomical image processing

fitspng (1.4-1 b2)

FITS to PNG converter

fitsverify (4.20-3)

outil de vérification de format d’un fichier FITS

fityk (1.3.1-6)

ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général

flash (1.2.11-2)

Fast Length Adjustment of SHort reads

flexbar (1:3.5.0-3)

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

flextra (5.0-14)

modèle de trajectoire pour tracer les phénomènes de transport aérien

fml-asm (0.1 git20190320.b499514-1 b1)

outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

foma (1:0.9.18 r243-8)

outils pour construire des automates à états finis

foma-bin (1:0.9.18 r243-8)

Transitional package for foma

form (4.2.1 git20200217-1)

système de manipulation symbolique

fractalnow (0.8.2-4 b1 [amd64, arm64, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 0.8.2-4 [armel, armhf])

générateur rapide et avancé de fractales

free42-nologo (2.5.25 ds-1)

Free42 est une réimplémentation du calculateur HP-42S

freebayes (1.3.5-1)

détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

freecad (0.19.1 dfsg1-2 deb11u1)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO

freecad-common (0.19.1 dfsg1-2 deb11u1)

Extensible Open Source CAx program - common files

freecad-python3 (0.19.1 dfsg1-2 deb11u1)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO – binaires en Python 3

freecontact (1.0.21-9)

prédicteur rapide de contact de protéine

frog (0.20-2 b1)

tagger and parser for natural languages (runtime)

frogdata (0.18-1)

Data files for Frog

fsa (1.15.9 dfsg-6)

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

fsm-lite (1.0-5)

frequency-based string mining (lite)

ftools-fv (5.5.2 dfsg-1)

outil pour afficher et éditer des fichiers au format FITS

ftools-pow (5.5.2 dfsg-1)

outil de tracé de courbe et d’interface d’affichage d’image

funtools (1.4.7-4)

Minimal buy-in FITS utility package

fxt-tools (0.3.13-1)

bibliothèque de traçage multifil

g3data (1:1.5.3-3)

Extrait les données depuis des graphiques numérisés

gabedit (2.5.1~20200828-1)

interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio

galileo (0.5.1-7)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit avec le service web de Fitbit

galileo-daemon (0.5.1-7)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit – démon

gamgi (0.17.3-3)

interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)

gamgi-data (0.17.3-3)

General Atomistic Modelling Graphic Interface (data)

garli (2.1-4)

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

garli-examples (2.1-4)

phylogenetic analysis of molecular sequence data (examples)

garli-mpi (2.1-4)

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood (MPI)

garlic (1.6-3 b1 [amd64], 1.6-3 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

logiciel de visualisation de biomolécules

gasic (0.0.r19-7)

genome abundance similarity correction

gasic-examples (0.0.r19-7)

genome abundance similarity correction (example data)

gatb-core (1.4.2 dfsg-6)

boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

gatb-core-testdata (1.4.2 dfsg-6)

boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn – données de test

gausssum (3.0.2-2)

analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…

gazebo (11.1.0 dfsg-6)

simulateur de robots au source ouvert – exécutables

gazebo-common (11.1.0 dfsg-6)

simulateur de robots au source ouvert – fichiers communs

gazebo-plugin-base (11.1.0 dfsg-6)

simulateur de robots au source ouvert – greffons de base

gazebo9 (11.1.0 dfsg-6)

paquet de transition

gazebo9-common (11.1.0 dfsg-6)

paquet de transition

gazebo9-plugin-base (11.1.0 dfsg-6)

paquet de transition

gbrowse (2.56 dfsg-8)

navigateur de génome générique GMOD

gbrowse-calign (2.56 dfsg-8 b1)

outil auxiliaire CAlign

gbrowse-data (2.56 dfsg-8)

données d’échantillon pour utiliser GBrowse

gbutils (6.0-1 b1)

utilities for command line econometrics

gchempaint (0.14.17-6)

éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2

gcrystal (0.14.17-6)

visualiseur léger de structures cristallines

gcu-bin (0.14.17-6)

outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires

gcx (1.3-1.1 b2)

application en Gtk de traitement d’images astronomiques et de photométrie

gdal-bin (3.2.2 dfsg-2 deb11u2)

Bibliothèque d'abstraction de données géospatiales - outils

gdal-data (3.2.2 dfsg-2 deb11u2)

Geospatial Data Abstraction Library - Data files

gdis (0.90-6)

visualisateur de modèle de molécule et de cristal

gdis-data (0.90-6)

visualisateur de modèle de molécule et de cristal — fichiers de données

gdl-astrolib (2020.10.29 dfsg-3)

Low-level astronomy software for GDL

gdl-coyote (2019.08.19-1)

GDL library from D. Fannings IDL courses

gdl-mpfit (1.85 2017.01.03-4)

Robust non-linear least squares curve fitting for GDL

gdpc (2.2.5-14)

Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

gdpc-examples (2.2.5-14)

fichiers d’exemples pour le programme gdpc

gelemental (2.0.0-1)

visionneuse de tableau périodique des éléments

gemma (0.98.4 dfsg-4)

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

gemma-doc (0.98.4 dfsg-4)

Example folder for GEMMA

genometester (4.0 git20200511.91cecb5 dfsg-1)

boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

genomethreader (1.7.3 dfsg-5 b1)

outil logiciel pour le calcul de prédictions de structure de gène

genometools (1.6.1 ds-3)

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

genometools-common (1.6.1 ds-3)

shared data files for GenomeTools

gentle (1.9 cvs20100605 dfsg1-9)

ensemble de logiciels pour planifier le clonage génétique

geographiclib-tools (1.51-1)

bibliothèque C pour résoudre des problèmes géodésiques –⋅outils

geotiff-bin (1.6.0-1)

bibliothèque GeoTIFF (geografic enabled TIFF) – outils

gerris (20131206 dfsg-19)

solveur hydrodynamique Gerris

getdata (0.2-4)

management of external databases

gff2aplot (2.0-13)

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

gff2ps (0.98l-4)

Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

gffread (0.12.1-4)

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

gfsview (20121130 dfsg-7)

visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris

gfsview-batch (20121130 dfsg-7)

visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris – traitement par lot

gftl-dev (1.3.0 is-really-1.2.7-1)

Containers and iterators for Fortran

gftl-shared-dev (1.0.7-2)

Common gFTL containers of Fortran intrinsic types

ggd-utils (0.0.7 ds-3 b6)

programs for use in ggd

ghkl (5.0.0.2661-1 b1)

application de contrôle de calculs de diffractomètre

ghmm (0.9~rc3-4)

General Hidden-Markov-Model library - tools

ginga (3.1.0-1)

Astronomical image viewer

ginkgocadx (3.8.8-5 b1)

logiciel d’imagerie médicale et visualisateur DICOM complet

gjh-asl-json (0.0 git20180428.eb8720e-2)

gjh solver, like solver from AMPL Library

glam2 (1064-9)

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

gliese (3.0.95-2) [non-free]

stellar data set from the Third Catalogue of Nearby Stars

glueviz (1.0.1 dfsg-1)

visualisation de données liées

gmap (2021-02-22 ds-1)

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

gmt (6.1.1 dfsg-1 b1)

outils de cartographie générique

gmt-common (6.1.1 dfsg-1)

outils de cartographie générique – fichiers indépendants de l’architecture

gmt-dcw (1.1.4-3)

Digital Chart of the World (DCW) for GMT

gmt-gshhg (2.3.7-5)

Global Self-consistent Hierarchical High-resolution Geography (GSHHG)

gmt-gshhg-full (2.3.7-5)

trait de côte de haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-high (2.3.7-5)

traits de côte dans une haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-low (2.3.7-5)

traits de côte en basse résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gnuastro (0.14-1)

GNU Astronomy Utilities programs

gpaw (21.1.0-1)

DFT and beyond within the projector-augmented wave method

gpaw-data (0.9.20000-2)

gpaw datasets/setups

gperiodic (3.0.3-1)

Table périodique des éléments

gpx (2.6.8-1)

post-traitement de conversion gcode vers x3g

gr-fcdproplus (3.8~20190817-3 b5)

Funcube Dongle Pro Plus controller for GNU Radio

grabix (0.1.7-2)

wee tool for random access into BGZF files

graphlan (1.1.3-2)

circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

grass (7.8.5-1 deb11u1)

système de gestion et d’analyse de ressources géographiques – SIG GRASS

grass-core (7.8.5-1 deb11u1)

composants centraux du SIG GRASS

grass-gui (7.8.5-1 deb11u1)

interfaces utilisateur graphiques pour le SIG GRASS

gravit (0.5.1 dfsg-5)

simulateur de gravité à couper le souffle

gravit-data (0.5.1 dfsg-5)

fichiers de données pour Gravit

gri (2.12.27-1.1~deb11u1)

langage pour l'illustration scientifique

grinder (0.5.4-6)

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

gromacs (2020.6-2)

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

gromacs-data (2020.6-2)

simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation

gromacs-mpich (2020.6-2)

simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH

gromacs-openmpi (2020.6-2)

simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI

gsort (0.1.4-3 b6)

sort genomic data

gubbins (2.4.1-4)

phylogenetic analysis of genome sequences

gvb (1.4-1.1)

visual simulator of 1 and 2-dimensional vibrations

gwama (2.2.2 dfsg-4)

Genome-Wide Association Meta Analysis

gwyddion (2.57-1)

outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)

gwyddion-common (2.57-1)

fichiers indépendants de l’architecture pour Gwyddion, outil d’analyse SPM

gyoto (1.4.4-3)

intégration et lancer de rayons pour des géodésiques de relativité générale

gyoto-bin (1.4.4-3 b6)

General relativistic ray-tracing command-line interface

h5utils (1.13.1-4)

outils de visualisation de fichiers HDF5

harminv (1.4.1-2 b1 [amd64], 1.4.1-2 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

extraction of complex frequencies and amplitudes from time series

harvest-tools (1.3-6)

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

hdf-compass (0.7~b8-3)

visualisateur pour les formats HDF5 et apparentés

hdf5-helpers (1.10.6 repack-4 deb11u1)

HDF5 – assistants

hdf5-tools (1.10.6 repack-4 deb11u1)

HDF5 – outils d'exécution

herisvm (0.9.0-2)

outils d’apprentissage automatique pour des algorithmes de classification

hfst (3.15.1-2 b5)

technologie des transducteurs finis Helsinki

hfst-ospell (0.5.2-1 b1)

Spell checker library and tool based on HFST

hhsuite (3.3.0 ds-4 b3)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

hhsuite-data (3.3.0 ds-4)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données

hilive (2.0a-3 b2)

alignement en temps réel des lectures Illumina

hinge (0.5.0-6 b2)

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

hisat2 (2.2.1-2 b3)

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

hmmer (3.3.2 dfsg-1)

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hmmer2 (2.3.2 dfsg-7)

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hodie (1.5.0-1 b1 [amd64], 1.5.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

affichage de la date en latin

hts-nim-tools (0.2.1-1)

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

hyphy-common (2.5.28 dfsg-3)

test statistique en utilisant des phylogénies – fichiers communs

hyphy-mpi (2.5.28 dfsg-3)

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

hyphy-pt (2.5.28 dfsg-3)

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

idba (1.1.3-7)

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

idba-extra (1.1.3-7)

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

idseq-bench (0.0~git20200902.8241a9a-1)

Benchmark generator for the IDseq Portal

igdiscover (0.11-3)

analyzes antibody repertoires to find new V genes

igor (1.4.0 dfsg-2)

infers V(D)J recombination processes from sequencing data

igv (2.6.3 dfsg-3) [non-free]

visualiseur génomique intégratif

iitii (0.0 git20191030.85209e0-2)

Implicit Interval Tree with Interpolation Index

imagej (1.53g-2)

programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie

imview (1.1.9h-3)

Application de visualisation et d'analyse d'images

indelible (1.03-5)

powerful and flexible simulator of biological evolution

indigo-utils (1.2.3-3.1)

Organic Chemistry Toolkit Utilities

infernal (1.1.4-1)

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

inhomog (0.1.9.2-1 b1)

kinematical backreaction and average scale factor evolution

inkscape-speleo (1.8-4)

Inkscape plugin to help draw surveys

inkscape-survex-export (2.0-1)

greffon d’Inkscape pour numériser les impressions de levé

insilicoseq (1.5.2-1)

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

ipig (0.0.r5-4)

intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

iqtree (1.6.12 dfsg-1)

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

iraf (2.16.1 2018.11.01-6 b1)

Image Reduction and Analysis Facility

iraf-dev (2.16.1 2018.11.01-6 b1)

Image Reduction and Analysis Facility (development files)

iraf-fitsutil (2018.07.06-4 b1)

FITS utilities for IRAF

iraf-mscred (5.05 2018.07.09-1 b3)

CCD mosaic reduction package for IRAF

iraf-noao (2.16.1 2018.11.01-6 b1)

paquet d’IRAF du NOAO pour la réduction de données

iraf-noao-dev (2.16.1 2018.11.01-6 b1)

IRAF NOAO data reduction package (development files)

iraf-rvsao (2.8.3-1 b3)

IRAF package to obtain radial velocities from spectra

iraf-sptable (1.0~pre20180612-2 b1)

IRAF package for Tabular Spectra

iraf-wcstools (3.9.6-1)

prise en charge du WCS d’une image FITS – paquet pour IRAF

irstlm (6.00.05-2 b1)

boîte à outils de modélisation de langage IRST

ismrmrd-schema (1.4.2.1-6)

schema for ISMRMRD

ismrmrd-tools (1.4.2.1-6)

command-line tools for ISMRMRD

itksnap (3.6.0-5)

segmentation semi-automatique de structures pour les images en 3D

iva (1.0.9 ds-11)

assemblage itératif de séquences virales

ivar (1.3 dfsg-1)

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

jaligner (1.0 dfsg-7)

algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

jalview (2.11.1.3 dfsg2-5)

éditeur d'alignement multiple

jblas (1.2.4-3)

bibliothèque rapide d'algèbre linéaire pour Java

jellyfish (2.3.0-10)

count k-mers in DNA sequences

jellyfish-examples (2.3.0-10)

count k-mers in DNA sequences (examples for testing)

jellyfish1 (1.1.11-5)

count k-mers in DNA sequences

jemboss (6.6.0 dfsg-9)

interface graphique pour EMBOSS

jmodeltest (2.1.10 dfsg-10)

sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

jmol (14.6.4 2016.11.05 dfsg1-4)

visualisateur moléculaire

jnifti-demos (0.6-2)

sample files and demo scripts for JNIfTI toolbox

jsamp (1.3.7-1)

Java Simple Application Messaging Protocol tool for VO

jube (2.4.1-1)

JUBE Benchmarking Environment

julia (1.5.3 dfsg-3)

langage de programmation haute-performance pour le calcul technique

julia-common (1.5.3 dfsg-3)

langage de programmation haute-performance pour le calcul technique –⋅fichiers communs

jupyter-notebook (6.2.0-1)

notebook interactif de Jupyter

kalign (1:3.3-1 b3)

Alignement séquentiel multiple global et progressif

kallisto (0.46.2 dfsg-2)

quantification RNA-seq presque optimale

kallisto-examples (0.46.2 dfsg-2)

near-optimal RNA-Seq quantification (example data)

kalzium (4:20.12.0-1)

outil de table périodique et de chimie

kalzium-data (4:20.12.0-1)

fichiers de données pour Kalzium

kaptive (0.7.3-3)

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

kaptive-data (0.7.3-3)

données de référence pour Kaptive pour l’assemblage de génome de Klebsielles

kaptive-example (0.7.3-3)

données d’exemples pour kaptive pour des assemblages du génome de klebsiella

khmer (2.1.2 dfsg-8)

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

khmer-common (2.1.2 dfsg-8)

fichiers communs pour les outils du projet khmer

kineticstools (0.6.1 git20200729.e3723e0 dfsg-1)

détection de modification d’ADN

kineticstools-data (0.6.1 git20200729.e3723e0 dfsg-1)

détection de modifications d’ADN – fichiers de données

king-probe (2.16.160404 git20200121.9b198c1-3)

évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

kissplice (2.5.3-3 b1)

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

kleborate (2.0.1-1)

tool to screen Klebsiella genome assemblies

kleborate-examples (2.0.1-1)

outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella – exemple de données

klustakwik (3.0.2 ds-1)

classement automatique des échantillons (pics) dans des regroupements

kma (1.3.10-1)

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases

kmc (3.1.1 dfsg-3 b2)

décompte de k-mers dans des séquences de génome

kmer (0~20150903 r2013-8)

suite of tools for DNA sequence analysis

kmer-examples (0~20150903 r2013-8)

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

kmerresistance (2.2.0-2)

correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples

konclude (0.7.0 1137~dfsg-1)

raisonneur de logique descriptive basé sur les tableaux pour le web sémantique

kraken (1.1.1-2)

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

kraken2 (2.1.1-1)

taxonomic classification system using exact k-mer matches

kst (2.0.8-4 b1)

outil scientifique de tracé de données

kstars (5:3.4.3-1 b2)

planétarium de bureau, planification d’observations et contrôle de télescope

kstars-data (5:3.4.3-1)

fichiers de données pour le planétarium KStars

kstars-data-extra-tycho2 (1.1r1-9.1) [non-free]

Tycho-2 star catalog for KStars

lagan (2.0-6)

alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

lamarc (2.1.10.1 dfsg-5)

analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

lambda-align (1.0.3-6)

aligneur local pour des données biologiques massives

lambda-align2 (2.0.0-9)

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

lammps (20210122~gita77bb ds1-2 b1)

Molecular Dynamics Simulator

last-align (1179-1 b1)

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

lastz (1.04.03-4)

pairwise aligning DNA sequences

lastz-examples (1.04.03-4)

pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)

lbt (1.2.2-7)

Convertit des formules LTL en automates Büchi

leaff (0~20150903 r2013-8 b1)

biological sequence library utilities and applications

lefse (1.0.8-3)

determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

libadios-bin (1.13.1-28.2)

ADIOS système flexible d'entrées-sorties — exécutables

libadios-examples (1.13.1-28.2)

exemples pour le système flexible d'entrées-sorties ADIOS

libatlas-ecmwf-utils (0.23.0-1)

Numerical weather prediction and climate modelling library - utilities

libball1.5-data (1.5.0 git20180813.37fc53c-6)

bibliothèque d'algorithmes de biochimie –⋅fichiers de données

libbio-db-hts-perl (3.01-3 b1)

Perl interface to the HTS library

libbio-tools-phylo-paml-perl (1.7.3-3)

Bioperl interface to the PAML suite

libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl (1.7.4-2)

Bioperl interface to Clustal W

libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl (1.7.4-2)

Bioperl interface to T-Coffee

libcg3-1 (1.3.2-1)

Runtime for CG-3

libdlpack-dev (0.0~git20200217.3ec0443-2)

Open In Memory Tensor Structure

libeccodes-data (2.20.0-1)

GRIB and BUFR enecoding/encoding software library - data

libeckit-utils (1.15.4-1)

C toolkit for ECMWF tools and applications - development files

libfckit-utils (0.9.0-6)

Library Fortran toolkit for interoperating Fortran with C/C

libghemical-data (3.0.0-4.3)

Molecular Modelling Library (data files)

libhdf5-jni (1.10.6 repack-4 deb11u1)

native library used by libhdf5-java

libideep-dev (0.0~git20200915.ba88520-1)

Intel's mkldnn/dnnl wrapper for pytorch

liblammps-dev (20210122~gita77bb ds1-2 b1)

Molecular Dynamics Simulator (dev files)

liblammps0 (20210122~gita77bb ds1-2 b1)

Molecular Dynamics Simulator (shared library)

liblemon-utils (1.3.1 dfsg-4)

Library for Efficient Modeling and Optimization in Networks (utilities)

liblinear-tools (2.3.0 dfsg-5)

applications autonomes pour LIBLINEAR

libmstoolkit-tools (82-7)

libraries for manipulating mass spectrometry data - tools

libncarg-bin (6.6.2-7)

NCAR command-language library - development tools

libncarg-data (6.6.2-7)

NCAR command-language library - Data

libocas-tools (0.97 dfsg-6)

applications autonomes mettant en œuvre le solveur OCAS

libonnx-dev (1.7.0 dfsg-3)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (dev)

libonnx-testdata (1.7.0 dfsg-3)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (test data)

libonnx1 (1.7.0 dfsg-3)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (libs)

libonnxifi (1.7.0 dfsg-3)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (ONNXIFI)

libotb (7.2.0 dfsg-1 b3)

ORFEO Toolbox library metapackage

libotb-apps (7.2.0 dfsg-1 b3)

Plugins for ORFEO Toolbox applications

libpluto-jpl-eph-dev (0.0~git20180228-1.1)

development files to interact with JPL ephemeres data

libpluto-lunar-dev (0.0~git20180825.e34c1d1-1 b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

development files for astronomical Lunar library

libpwiz-tools (3.0.18342-4 b1)

ProteoWizard command line tools

libqgis-customwidgets (3.10.14 dfsg-1)

composants graphiques personnalisés de QGIS pour QT Designer

libsilo-bin (4.10.2.real-9)

Utilities to manipulate libsilo files

libssm-bin (1.4.0-2)

macromolecular superposition library - binaries

libtorch-test (1.7.1-7)

Tensors and Dynamic neural networks in Python with strong GPU acceleration

libvcflib-tools (1.0.2 dfsg-2)

C library for parsing and manipulating VCF files (tools)

libvdjtools-java (1.2.1 git20190311-5) [non-free]

Java library of vdjtools

libwannier90-dev (3.1.0 ds-4)

Maximally Localized Wannier Functions - development library

libxgboost-dev (1.2.1-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Development)

libxgboost0 (1.2.1-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Shared lib)

libxy-bin (1.6-1)

xylib – utilitaires

libyade (2021.01a-3)

plateforme pour la méthode des éléments distincts — bibliothèques

liggghts (3.8.0 repack1-7)

Open Source DEM Particle Simulation Software.

lighter (1.1.2-5)

fast and memory-efficient sequencing error corrector

litl-tools (0.1.9-12)

Lightweight Trace Library - tools

logol (1.7.9-3)

Pattern matching tool using Logol language

logol-bin (1.7.9-3)

outil d'associations de modèles utilisant le langage Logol

loki (2.4.7.4-10)

analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

lorene (0.0.0~cvs20161116 dfsg-1)

framework for numerical relativity

lorene-codes-src (0.0.0~cvs20161116 dfsg-1)

source files of LORENE-based codes

ltrsift (1.0.2-9)

post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

lttoolbox-dev (3.5.3-1)

Development tools and library for lttoolbox

lucy (1.20-3)

DNA sequence quality and vector trimming tool

lumpy-sv (0.3.1 dfsg-5)

general probabilistic framework for structural variant discovery

lumpy-sv-examples (0.3.1 dfsg-5)

cadriciel probabiliste générique pour la découverte de variations structurelles – données

lutefisk (1.0.7 dfsg-7)

interprétation de novo d’un spectre de CID de peptide

lxi-tools (1.21-1 b1)

interface logicielle pour LXI (LAN eXtensions for Instrumentation)

macs (2.2.7.1-3 b2)

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

macsyfinder (2.0~rc1-3 b1)

detection of macromolecular systems in protein datasets

maffilter (1.3.1 dfsg-2 b1)

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

maffilter-examples (1.3.1 dfsg-2)

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

mafft (7.475-1)

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

mandelbrot-solver (3.2.1-2 b1)

Solver for Mandelbrot polynomials based on MPSolve

mapdamage (2.2.1 dfsg-1)

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

mapsembler2 (2.2.4 dfsg1-3)

bioinformatics targeted assembly software

maq (0.7.1-9)

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

maqview (0.2.5-10)

graphical read alignment viewer for short gene sequences

mash (2.2.2 dfsg-2)

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

massxpert (6.0.2-1)

modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – exécutable

massxpert-data (6.0.2-1)

modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – données

matlab-gdf (0.1.3-8) [contrib]

IO library for the GDF -- Matlab interface

matlab-jnifti (0.6-2) [contrib]

fast NIfTI-1/2 reader and NIfTI-to-JNIfTI converter for MATLAB

matlab-jsonlab (2.0-1.1) [contrib]

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for MATLAB

matlab-zmat (0.9.8 ds-3) [contrib]

in-memory data compression for MATLAB

maude (3.1-2)

cadriciel logique de haute performance

mauve-aligner (2.4.0 4736-3)

multiple genome alignment

mayavi2 (4.7.1-2 b2)

paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D

mbpoll (1.4.11 dfsg-2)

command line utility to communicate with ModBus slave (RTU or TCP)

mbt (3.6-3)

générateur d’étiquetage basé sur la mémoire et étiqueteur

mbtserver (0.14-2)

extensions de serveur pour l’étiqueteur MBT

mecat2 (0.0 git20200428.f54c542 ds-3)

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

meep (1.17.1-1)

paquet logiciel pour la simulation FDTD

meep-mpi-default (1.17.1-2)

software package for FDTD simulation, parallel (OpenMPI) version

meep-openmpi (1.17.1-2)

software package for FDTD simulation, parallel (OpenMPI) version

megahit (1.2.9-2)

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

melting (5.2.0-2)

calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

merkaartor (0.18.4 ds-5 b2)

éditeur de carte pour OpenStreetMap.org

meryl (0~20150903 r2013-8 b1)

in- and out-of-core kmer counting and utilities

metabat (2.15-3)

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

metaphlan2 (2.9.22-1)

Metagenomic Phylogenetic Analysis

metaphlan2-data (2.6.0 ds-4)

paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

metastudent (2.0.1-8)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

metastudent-data (2.0.1-7)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files

metastudent-data-2 (1.0.0-5)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2

metview (5.10.2-1)

visualisation des données et environnement d’analyse interactifs

metview-data (5.10.2-1)

données nécessaires à l’environnement d’analyse de données, Metview

mhap (2.1.3 dfsg-3)

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

mia-doctools (2.4.7-7)

Helper scripts for run-time document creation

mia-tools (2.4.7-7)

outils en ligne de commande pour le traitement d’images en échelle de gris

mia-viewit (1.0.5-3)

programme de visualisation pour des ensembles de données en 3D créés avec MIA

microbegps (1.0.0-5)

outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

microbiomeutil (20101212 dfsg1-4)

utilitaires d'analyse de microbiome

microbiomeutil-data (20101212 dfsg1-4)

Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools

microhope (4.8.8 repack-2)

cadriciel matériel et logiciel pour apprendre les microcontrôleurs

minc-tools (2.3.00 dfsg-6)

Outils pour le format MNI d'imagerie médicale

mindthegap (2.2.2-2)

détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS

mindthegap-examples (2.2.2-2)

scripts facultatifs et ressources d’exemple pour mindthegap

minexpert2 (7.4.1-1)

visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable

minia (3.2.1 git20200522.4960a99-1)

short-read biological sequence assembler

miniasm (0.3 dfsg-2)

assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

minimac4 (1.0.2-2)

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

minimap (0.2-5)

correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

minimap2 (2.17 dfsg-12 b3)

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

minisat (1:2.2.1-5 b3)

solveur SAT rapide et léger

minisat (1.0-4)

solveur de contraintes pseudo booléennes

minisat2 (1:2.2.1-5 b3)

paquet de transition pour minisat

minisat2

paquet virtuel fourni par minisat

mipe (1.1-9)

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

mira-assembler (4.9.6-5 b1)

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

mira-rfam-12s-rrna (4.9.6-5)

extract of RFAM 12 rRNA database

mirtop (0.4.23-2)

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

missfits (2.8.0-4)

Basic maintenance and packaging tasks on FITS files

mitools (2.0.4-3)

visualisation, conversion et opérations basiques pour des données d’images médicales

mlpack-bin (3.4.2-1 b2)

intuitive, fast, scalable C machine learning library (binaries)

mlv-smile (1.47-8)

Find statistically significant patterns in sequences

mmb (3.2 dfsg-2 deb11u1)

model the structure and dynamics of macromolecules

mmb-common (3.2 dfsg-2 deb11u1)

model the structure and dynamics of macromolecules (common files)

mmmulti (0.1-2)

memory backed multimap

mmseqs2 (12-113e3 ds-3 b1)

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

mmseqs2-examples (12-113e3 ds-3)

optional resources for the mmseqs2 package

mocassin (2.02.73.2-1)

MOnte CArlo SimulationS of Ionised Nebulae

mocassin-benchmarks (2.02.73.2-1)

benchmarks for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-data (2.02.73.2-1)

atomic and optical data for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-examples (2.02.73.2-1)

Examples for the photoionisation code MOCASSIN

molds (0.3.1-1 b9 [amd64, arm64, armhf, i386], 0.3.1-1 b8 [ppc64el], 0.3.1-1 b4 [mips64el, s390x])

Semi-empirical electronic structure and molecular dynamics

mona (1.4-17-2)

démonstration automatique de théorèmes

montage (6.0 dfsg-7 b3)

Toolkit for assembling FITS images into mosaics

montage-gridtools (6.0 dfsg-7 b3)

Create files to run montage on the grid

mopac7-bin (1.15-6 b4 [mips64el], 1.15-6 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires

mosdepth (0.3.1 ds-2)

calcul de couverture BAM/CRAM de séquençage biologique

mosdepth-examples (0.3.1 ds-2)

données de test pour mosdepth

mothur (1.44.3-2)

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

mpb (1.11.1-3)

Photonic-Bands du MIT

mpb-mpi (1.11.1-3)

programme Photonic-Bands du MIT, version parallèle (mpich)

mpb-scm (1.11.1-3)

programme Photonic-Bands du MIT – fichiers d’initialisation

mpgrafic (0.3.19-1)

MPI version of N-body initial conditions grafic package

mpqc (2.3.1-21)

programme de chimie quantique massivement parallèle

mpqc-support (2.3.1-21)

Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance

mpsolve (3.2.1-2 b1)

résolveur de polynômes multiprécision – version en ligne de commande

mptp (0.2.4-3)

single-locus species delimitation

mrbayes (3.2.7a-4)

Bayesian Inference of Phylogeny

mrbayes-mpi (3.2.7a-4)

inférence bayésienne de phylogenèse – version MPI

mriconvert (1:2.1.0-4)

utilitaire de conversion de fichier d’image médicale

mricron (1.0.20190902 dfsg-2)

conversion, visualisation et analyse d’images de résonance magnétique

mricron-data (1.0.20190902 dfsg-2)

data files for MRIcron

mrpt-apps (1:2.1.7-2)

boîte à outils pour la programmation robotique – applications graphiques et console

mrpt-common (1:2.1.7-2)

boîte à outils pour la programmation robotique – exemples de fichier et d’ensembles de données

mrtrix3 (3.0~rc3 git135-g2b8e7d0c2-5)

tractographie de la substance blanche par IRM pondérée en diffusion

mseed2sac (2.3 ds1-1)

Convert MiniSEED time series data to SAC

mssstest (3.0-7) [non-free]

Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis

msxpertsuite (5.8.9-1)

suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet

msxpertsuite-massxpert (5.8.9-1)

suite de logiciels de spectrométrie de masse – massXpert

msxpertsuite-massxpert-data-doc (5.8.9-1)

mass spectrometry software suite - massXpert - data and doc

msxpertsuite-minexpert (5.8.9-1)

suite logicielle de spectrométrie de masse – mineXpert

msxpertsuite-minexpert-data-doc (5.8.9-1)

mass spectrometry software suite - mineXpert - data and doc

multiqc (1.9 dfsg-3)

output integration for RNA sequencing across tools and samples

mummer (3.23 dfsg-7)

Alignement de séquence efficace de génomes complets

munipack (0.5.14-2)

Astronomical photometry software package

munipack-cli (0.5.14-2)

Command line interface of Munipack

munipack-core (0.5.14-2)

Core routines of Munipack

munipack-gui (0.5.14-2)

interface graphique pour Munipack

murasaki (1.68.6-12)

homology detection tool across multiple large genomes

murasaki-common (1.68.6-12)

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

murasaki-mpi (1.68.6-12)

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

muscle (1:3.8.1551-2)

Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

music-bin (1.1.16-1.1 b2)

coordinateur de multisimulation pour MPI – utilitaires

mustang (3.2.3-4)

alignement structurel multiple de protéines

mustang-testdata (3.2.3-4)

alignements structuraux multiples de protéines – données de test

nanolyse (1.2.0-1)

remove lambda phage reads from a fastq file

nanook (1.33 dfsg-2.1)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

nanook-examples (1.33 dfsg-2.1)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data (examples)

nanopolish (0.13.2-3)

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

nanostat (1.4.0-3)

statistics on long biological sequences

nanosv (1.2.4 git20190409.c1ae30c-3)

structural variant caller for nanopore data

nast-ier (20101212 dfsg1-4)

NAST-based DNA alignment tool

nastran (0.1.95-2) [non-free]

NASA Structural Analysis System

nautic (1.5-4)

calcul de la position de l’observateur en navigation astronomique

ncbi-acc-download (0.2.7-1)

download genome files from NCBI by accession

ncbi-blast (2.11.0 ds-1)

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

ncbi-blast -legacy (2.11.0 ds-1)

script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

ncbi-cn3d (3.0.20170106 dfsg1-9)

afficheur en trois dimensions de molécules biologiques

ncbi-entrez-direct (14.6.20210224 dfsg-4 b1)

NCBI Entrez utilities on the command line

ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

ncbi-rrna-data (6.1.20170106 dfsg1-9)

grandes bases de données BLAST d'ARN ribosomique distribuées avec le kit de développement du NCBI

ncbi-seg (0.0.20000620-6)

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

ncbi-tools-bin (6.1.20170106 dfsg1-9)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

ncbi-tools-x11 (6.1.20170106 dfsg1-9)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

ncl-ncarg (6.6.2-7)

NCAR Command Language and NCAR graphics

ncl-tools (2.1.21 git20190531.feceb81-3)

outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

nco (4.9.7-1)

opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF

ncoils (2002-8)

prédiction de structure secondaire de superhélice

ncview (2.1.8 ds-4)

navigateur graphique X11 pour les fichiers au format NetCDF

neat (2.3.2-2)

Nebular Empirical Analysis Tool – outil d’analyse empirique de nébuleuse

neobio (0.0.20030929-6)

calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

netcdf-bin (1:4.7.4-1)

Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF

neurodebian (0.41.0)

neuroscience-oriented distribution - repository configuration

neurodebian-archive-keyring (0.41.0)

distribution orientée neurosciences – clés GnuPG d’archive

neurodebian-desktop (0.41.0)

neuroscience-oriented distribution - desktop integration

neurodebian-dev (0.41.0)

neuroscience-oriented distribution - development tools

neurodebian-freeze (0.41.0)

outil nd_freeze pour geler les sources APT à utiliser dans des instantanés

neurodebian-popularity-contest (0.41.0)

neuroscience-oriented distribution - popcon integration

neuron (7.6.3-1 b3)

environnement de simulation pour des modèles de calcul de neurones

neuron-dev (7.6.3-1 b3)

Neuron simulation environment - Development files

nexus-tools (4.4.3-5)

format scientifique Nexus de fichiers de données – applications

ngmlr (0.2.7 dfsg-4 b1)

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

nifti2dicom (0.4.11-3)

convert 3D medical images to DICOM 2D series

nifti2dicom-data (0.4.11-3)

data files for nifti2dicom

nim-kexpr-dev (0.0.2-2)

kexpr math expressions for nim

nim-lapper-dev (0.1.7-3)

simple, fast interval searches for nim

njplot (2.4-9)

programme de dessin d’arbre phylogénétique

norsnet (1.0.17-6)

tool to identify unstructured loops in proteins

norsp (1.0.6-6)

predictor of non-regular secondary structure

numdiff (5.9.0-1 b1 [amd64], 5.9.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

comparaison de fichiers similaires avec des champs numériques

nutsqlite (2.0.6-3)

Dietary nutrition analysis software

nwchem (7.0.2-1)

logiciel de calcul de haute performance pour la chimie numérique

nwchem-data (7.0.2-1)

High-performance computational chemistry software (data files)

oar-common (2.5.9-1)

paquet commun pour l’ordonnanceur OAR

oar-node (2.5.9-1)

paquet d’ordonnanceur OAR de Node

oar-server (2.5.9-1)

OAR batch scheduler server package

oar-server-mysql (2.5.9-1)

paquet de dorsal pour le serveur MySQL d’ordonnancement de tâches

oar-server-pgsql (2.5.9-1)

paquet de dorsal pour le serveur PostgreSQL d’ordonnancement de tâches

oar-user (2.5.9-1)

OAR batch scheduler user package

oar-user-mysql (2.5.9-1)

OAR batch scheduler MySQL user backend package

oar-user-pgsql (2.5.9-1)

OAR batch scheduler PostgreSQL user backend package

oar-web-status (2.5.9-1)

OAR batch scheduler visualization tool package

objcryst-fox (1.9.6.0-2.2)

FOX – Free Objects for Xtallography

occt-draw (7.5.1 dfsg1-2)

Open CASCADE Technology command interpreter and graphical test system

oce-draw (0.18.3-1)

OpenCASCADE Community Edition CAE platform shared library

octave-bart (0.6.00-3 deb11u1)

liaisons Octave pour BART

octave-biosig (2.1.2-4)

liaisons Octave à la bibliothèque BioSig

octave-gdf (0.1.3-8)

bibliothèque IO pour GDF – interface pour Octave

octave-jnifti (0.6-2)

lecteur rapide NIfTI-1/2 et convertisseur NIfTI vers JNIfTI

octave-jsonlab (2.0-1.1)

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for Octave

octave-psychtoolbox-3 (3.0.17.9.dfsg1-2)

toolbox for vision research -- Octave bindings

octave-zmat (0.9.8 ds-3)

in-memory data compression for Octave

octomap-tools (1.9.5 dfsg-1)

Tools for 3D occupancy grid mapping

octovis (1.9.5 dfsg-1)

outil de visualisation pour OctoMap

odil (0.12.1-1)

C 11 library for the DICOM standard (application)

odin (2.0.4-3)

développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique

ogdi-bin (4.1.0 ds-5)

bibliothèque OGDI ( interface de magasins de données géographiques libre) – utilitaires

ompl-plannerarena (1.5.2 ds1-1)

bibliothèque plannerarena pour OMPL (Open Motion Planning Library)

openbabel (3.1.1 dfsg-6)

boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande

openbabel-gui (3.1.1 dfsg-6)

boite à outils logicielle dans le domaine de la chimie − interface graphique

opendrop (3.1.7dev0-2)

fully-featured pendant drop tensiometry software

openfoam (1912.200626-1)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries

openfoam-examples (1912.200626-1)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - examples

openmolcas (20.10-2)

Quantum chemistry software package

openmolcas-data (20.10-2)

Quantum chemistry software package (data files)

openmotor (0.4.0-4)

simulateur de balistique intérieure pour l’expérimentation des moteurs-fusées

openms (2.6.0 cleaned1-3)

package for LC/MS data management and analysis

openms-common (2.6.0 cleaned1-3)

package for LC/MS data management and analysis - shared data

openstructure (2.2.0-6)

cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale

openuniverse (1.0beta3.1 dfsg-6.1)

simulateur d'univers 3D

openuniverse-common (1.0beta3.1 dfsg-6.1)

fichiers de données du simulateur en 3D de l’univers

optgeo (2.25-2)

simulateur d'optique géométrique

opticalraytracer (9.6-1)

Virtual lens/mirror design workshop

optimir (1.0-3)

intégration de variations génétiques dans l’alignement de miARN

orthanc (1.9.2 really1.9.1 dfsg-1 deb11u1)

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

orthanc-dicomweb (1.5 dfsg-3)

greffon d’extension d’Orthanc avec prise en charge de WADO et DICOMweb

orthanc-gdcm (1.2-1)

DICOM transcoder/decoder for Orthanc using GDCM (notably for JPEG2k)

orthanc-imagej (1.2 dfsg-3)

ImageJ plugin to import images from Orthanc

orthanc-mysql (3.0-1)

Plugins to use MySQL or MariaDB as a database back-end to Orthanc

orthanc-postgresql (3.3-1)

Plugins to use PostgreSQL as a database back-end to Orthanc

orthanc-python (3.1 ds-1)

Develop plugins for Orthanc using the Python programming language

orthanc-webviewer (2.7-4)

Web viewer of medical images for Orthanc

orthanc-wsi (1.0-3)

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

oscar (1.2.0-1)

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

ossim-core (2.9.1-3 b1)

utilitaires centraux d’OSSIM

otb-bin (7.2.0 dfsg-1 b3)

applications en ligne de commande d’ORFEO Toolbox

otb-bin-qt (7.2.0 dfsg-1 b3)

interface graphique pour les applications d’ORFEO Toolbox

otb-testdriver (7.2.0 dfsg-1 b3)

bibliothèque d’ORFEO Toolbox – OTBTestDriver

otf-trace (1.12.5 dfsg-8)

Open Trace Format support library - development files

packmol (20.010-1)

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations

paje.app (1.98-1 b8)

outil générique de visualisation (diagramme de GANTT et autres)

pal2nal (14.1-3)

converts proteins to genomic DNA alignment

paleomix (1.3.2-1)

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

paml (4.9j dfsg-3)

PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

paraclu (9-3)

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

parafly (0.1.0-2)

parallel command processing using OpenMP

parallel-fastq-dump (0.6.6-3)

parallel fastq-dump wrapper

paraview (5.9.0-2)

application parallèle de visualisation

parsinsert (1.04-10)

insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques

parsinsert-testdata (1.04-10)

données de test pour parsinsert

parsnp (1.5.4 dfsg-1)

rapid core genome multi-alignment

patman (1.2.2 dfsg-7)

rapid alignment of short sequences to large databases

pbbamtools (1.6.0 dfsg-2)

processing Pacific Biosciences binary alignment/map files

pbdagcon (0.3 git20180411.c14c422 dfsg-1 b1)

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbhoney (15.8.24 dfsg-7)

recherche de variation structurelle génomique

pbjelly (15.8.24 dfsg-7)

genome assembly upgrading tool

pbsim (1.0.3 git20180330.e014b1d dfsg-2)

simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

pdb2pqr (2.1.1 dfsg-7 deb11u1)

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

perlprimer (1.2.4-2)

Conception graphique d'amorce de PCR

perm (0.4.0-7)

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

pftools (3.2.6-1)

construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

phast (1.5 dfsg-2)

phylogenetic analysis with space/time models

phipack (0.0.20160614-5)

PHI test and other tests of recombination

phybin (0.3-5)

binning/clustering newick trees by topology

phylip (1:3.697 dfsg-2)

paquet de programmes pour déduire les phylogénies

phylonium (1.3-1)

Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances

phyml (3:3.3.20200621-1)

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

physamp (1.1.0-2)

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

phyutility (2.7.3 dfsg-3)

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

phyx (1.01 ds-2 deb11u1)

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

picard-tools (2.24.1 dfsg-1)

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

picopore (1.2.0-2)

lossless compression of Nanopore files

picosat (965-2)

solveur SAT avec gestion de démonstrations et « core »

pigx-rnaseq (0.0.10 ds-2)

pipeline pour des analyses de séquençage d’ARN distribuées et avec des points de contrôle

piler (0~20140707-3)

genomic repeat analysis

pilercr (1.06 dfsg-4)

software for finding CRISPR repeats

pilon (1.23 dfsg-2)

automated genome assembly improvement and variant detection tool

pinfish (0.1.0 ds-2)

outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

pinfish-examples (0.1.0 ds-2)

exemples et données de test pour pinfish

pique (1.0-2)

software pipeline for performing genome wide association studies

pirs (2.0.2 dfsg-9)

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

pirs-examples (2.0.2 dfsg-9)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (example data)

pirs-profiles (2.0.2 dfsg-9)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

pizzly (0.37.3 ds-5)

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

pkg-r-autopkgtest (20210303)

Script for the automatic testing of R packages

pktools (2.6.7.6 ds-3 b1)

utilitaires complémentaires pour GDAL pour un traitement efficace d'images matricielles

placnet (1.03-3)

Plasmid Constellation Network project

planets (0.1.13-20 b3)

simulation gravitationnelle de corps planétaires

plasmidid (1.6.3 dfsg-3)

outil d’identification de plasmide, basé sur les mappages et aidé par des assemblages

plasmidseeker (1.3 dfsg-1)

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

plast (2.3.2 dfsg-7 b1)

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

plast-example (2.3.2 dfsg-7)

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool (example data)

plastimatch (1.9.3 dfsg.1-1)

reconstruction d’images médicales et recalage

plink (1.07 dfsg-3)

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink1.9 (1.90~b6.21-201019-1)

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink2 (2.00~a3-210203 dfsg-1 b1)

whole-genome association analysis toolset

pluto-jpl-eph (0.0~git20180228-1.1)

command line handling of JPL ephemeres data

pluto-lunar (0.0~git20180825.e34c1d1-1 b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

routines de prédictions de positions dans le système solaire

pnetcdf-bin (1.12.2-1)

Programs for reading and writing parallel NetCDF files

poa (2.0 20060928-8)

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

populations (1.2.33 svn0120106 dfsg-6)

logiciel de génétique de populations

porechop (0.2.4 dfsg-2)

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

poretools (0.6.0 dfsg-5)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

poretools-data (0.6.0 dfsg-5)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data -- sample datasets

pp-popularity-contest (1.0.6-4 b3)

PredictProtein popularity contest

pplacer (1.1~alpha19-4)

phylogenetic placement and downstream analysis

praat (6.1.38-1)

programme pour l'analyse et la synthèse de la parole

prank (0.0.170427 dfsg-3)

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

predictnls (1.0.20-6)

prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

prime-phylo (1.0.11-9 b1)

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

primer3 (2.4.0-4)

outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

primer3-examples (2.4.0-4)

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification (examples)

prinseq-lite (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

prinseq-lite-examples (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (example data)

proalign (0.603-5)

logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

probabel (0.5.0 dfsg-4)

Toolset for Genome-Wide Association Analysis

probabel-examples (0.5.0 dfsg-4)

Example files for ProbABEL

probalign (1.4-9)

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

probcons (1.12-13)

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

probcons-extra (1.12-13)

Programmes optionnels pour le paquets probcons

proda (1.0-13)

Alignement multiple de séquences protéiques

prodigal (1:2.6.3-4)

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

profbval (1.0.22-7)

prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

profisis (1.0.11-6)

prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

profnet-bval (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour profbval

profnet-chop (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour profchop

profnet-con (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour profcon

profnet-isis (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour profisis

profnet-md (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour le paquet metadisorder

profnet-norsnet (1.0.22-7)

neural network architecture for norsnet

profnet-prof (1.0.22-7)

architecture de réseau neuronal pour profacc

profnet-snapfun (1.0.22-7)

neural network architecture for snapfun

profphd-net (1.0.22-7)

architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

profphd-utils (1.0.10-6)

utilitaires d’assistance de profphd, convert_seq et filter_hssp

proftmb (1.1.12-9)

per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

progressivemauve (1.2.0 4713 dfsg-5 b1)

multiple genome alignment algorithms

proj-bin (7.2.1-1)

bibliothèque de projection cartographique (outils)

proj-rdnap (2008 2018-5) [non-free]

RDNAP grid correction files for PROJ

prokka (1.14.6 dfsg-3)

rapid annotation of prokaryotic genomes

prooftree (0.13-2 b1)

visualisation d’arbre de preuve pour Proof General

proteinortho (6.0.28 dfsg-1)

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

prottest (3.4.2 dfsg-5)

selection of best-fit models of protein evolution

pscan-chip (1.1-3)

ChIP-based identifcation of TF binding sites

pscan-chip-data (1.1-3)

auxiliary data for PScan-ChIP

pscan-tfbs (1.2.2-4)

search for transcription factor binding sites

psfex (3.17.1 dfsg-6)

Point Spread Function model extractor

psi3 (3.4.0-6 b5 [mips64el], 3.4.0-6 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

suite de programme de chimie quantique

psi4 (1:1.3.2 dfsg-2)

Quantum Chemical Program Suite

psi4-data (1:1.3.2 dfsg-2)

suite de programmes de chimie quantique – fichiers de données

psortb (3.0.6 dfsg-2 b1)

outil de prédiction de localisation bactérienne

psychopy (2020.2.10 dfsg-2)

environnement pour créer des stimuli psychologiques en Python

psychtoolbox-3-common (3.0.17.9.dfsg1-2)

toolbox for vision research -- arch/interpreter independent part

psychtoolbox-3-lib (3.0.17.9.dfsg1-2)

toolbox for vision research -- arch-specific parts

purify (2.0.0-5 b4)

Collection of routines for radio interferometric imaging

pycoqc (2.5.2 dfsg-1)

calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

pyfai (0.20.0 dfsg1-3)

Fast Azimuthal Integration scripts

pyfr (1.5.0-3)

flux reconstruction in Python

pymca (5.6.3 dfsg-1)

applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts

pymca-data (5.6.3 dfsg-1)

fichiers de données indépendantes de l'architecture pour PyMca

pymoctool (0.5.0-5)

Python Multi-Order Coverage maps tool for Virtual Observatory

pymol (2.4.0 dfsg-2)

système de graphismes moléculaires

pymol-data (2.4.0 dfsg-2)

data files for PyMOL

pysatellites (2.6-1)

simulation de lancement de satellites

python-drizzle-testdata (1.13.1-2)

Dithered image combination for Python (Test data)

python-escript-doc (5.6-3)

Documentation for Escript/Finley

python-pairix-examples (0.3.7-3)

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates (examples)

python3-airr (1.3.1-1)

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

python3-alignlib (0.1.1 dfsg-1.1 b2)

edit and Hamming distances for biological sequences

python3-amp (0.6.1-1 b4)

Atomistic Machine-learning Package (python 3)

python3-bornagain (1.18.0-1 b1)

Simulate and fit X-ray and neutron GISAXS -- Python3

python3-cyvcf2 (0.30.4-4)

VCF parser based on htslib (Python 3)

python3-deeptools (3.5.0-1)

platform for exploring biological deep-sequencing data

python3-deeptoolsintervals (0.1.9-3 b2)

gestion de style GTF de séquences, intervalles associés, annotations

python3-dnapilib (1.1-3)

adapter prediction for small RNA sequencing - library

python3-escript (5.6-3)

Escript/Finley finite elements Python3 system (with OpenMP)

python3-escript-mpi (5.6-3)

Escript/Finley finite elements Python3 system (OpenMP MPI)

python3-geneimpacts (0.3.7-3)

wraps command line tools to assess variants in gene sequences

python3-gfapy (1.1.0 dfsg-1 b1)

flexible and extensible software library for handling sequence graphs

python3-gffutils (0.10.1-2)

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

python3-keras (2.3.1 dfsg-3)

deep learning framework running on Theano or TensorFlow

python3-mmtf (1.1.2-3)

encodage binaire de structures biologiques – Python 3

python3-nanostat (1.4.0-3)

statistiques sur de longues séquences biologiques

python3-noise (1.2.3-3 b3)

Perlin noise for image generation

python3-onnx (1.7.0 dfsg-3)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (Python)

python3-peptidebuilder (1.1.0-2)

generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence

python3-pomegranate (0.13.5-1)

modélisation probabiliste rapide, flexible et facile à utiliser

python3-py2bit (0.3.0-6 b1)

access to 2bit files

python3-pybel (0.14.10-1)

Biological Expression Language

python3-pybigwig (0.3.17-1 b4)

Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files

python3-pynlpl (1.2.9-1)

bibliothèque PyNLPl pour le traitement automatique des langues – Python 3

python3-qiskit-ibmq-provider (0.4.6-3)

Quantum Information Science Kit (Qiskit): IBM Q Provider

python3-qiskit-terra (0.12.0-2.1 b1)

Quantum Information Science Kit (Qiskit) for Python 3

python3-seqcluster (1.2.7 ds-1) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

python3-skorch (0.9.0-3)

scikit-learn compatible neural network library that wraps PyTorch

python3-tinyalign (0.2-5 b2)

numerical representation of differences between strings

python3-torch-ignite (0.4.3-1)

High-level library to help with training and evaluating in PyTorch

python3-torchaudio (0.7.2-1)

Data manipulation and transformation for audio signal processing

python3-torchtext (0.8.1-1)

Data loaders and abstractions for text and NLP

python3-torchvision (0.8.2-1)

Datasets, Transforms and Models specific to Computer Vision

python3-xgboost (1.2.1-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Python3)

pyzo (4.11.2-1)

interactive editor for scientific Python

q2-alignment (2020.11.1-2)

QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments

q2-cutadapt (2020.11.1-1)

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

q2-dada2 (2020.11.1-3)

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

q2-demux (2020.11.1-1)

QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

q2-feature-classifier (2020.11.1-2)

classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

q2-feature-table (2020.11.1 dfsg-1)

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

q2-metadata (2020.11.1 dfsg-1)

QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

q2-quality-control (2020.11.1-3)

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

q2-quality-filter (2020.11.1-2)

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

q2-sample-classifier (2020.11.1-3)

QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data

q2-taxa (2020.11.1 dfsg-2)

QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

q2-types (2020.11.1-1)

QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

q2cli (2020.11.1-1)

Click-based command line interface for QIIME 2

q2templates (2020.11.1 dfsg-1)

Design template package for QIIME 2 Plugins

qcat (1.1.0-2)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

qcat-examples (1.1.0-2)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files (examples)

qcumber (2.3.0-2)

quality control of genomic sequences

qfits-tools (6.2.0-8 b2)

outils pour manipuler des fichiers FITS

qfitsview (4.0 dfsg-3)

visualisateur de fichier FITS basé sur DPUSER

qgis (3.10.14 dfsg-1)

système d'information géographique –⋅SIG

qgis-api-doc (3.10.14 dfsg-1)

documentation de l'API de QGIS

qgis-common (3.10.14 dfsg-1)

QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-plugin-grass (3.10.14 dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS

qgis-plugin-grass-common (3.10.14 dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-provider-grass (3.10.14 dfsg-1)

fournisseur GRASS pour QGIS

qgis-providers (3.10.14 dfsg-1)

fournisseurs de collections de données pour QGIS

qgis-providers-common (3.10.14 dfsg-1)

fournisseur de collections de données pour QGIS –⋅fichiers indépendants de l'architecture

qgis-server (3.10.14 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC

qgis3-survex-import (1.2-1)

QGIS3 plugin to read survex 3d files, for cave surveying

qiime (2020.11.1-1)

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

qmapshack (1.15.2-1 b1)

cartographie GPS (GeoTiff et vectorielle) et gestion d’appareils GPS

qmc (0.94-3.1)

Outil de simplification Quine McClusky

qnifti2dicom (0.4.11-3)

convert 3D medical images to DICOM 2D series (gui)

qrisk2 (0.1.20150729-5)

calculateur de risque de maladies cardiovasculaires

qthid-fcd-controller (4.1-5 b1 [amd64, arm64, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 4.1-5 [armel, armhf])

contrôleur pour le dongle de Funcube

qtltools (1.3.1 dfsg-2 b1)

Tool set for molecular QTL discovery and analysis

quantum-espresso (6.7-2)

suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics

quantum-espresso-data (6.7-2)

Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite (Documentation)

quicktree (2.5-5)

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

quorum (1.1.1-4)

QUality Optimized Reads of genomic sequences

qutemol (0.4.1~cvs20081111-13)

visualisation interactive de macromolécules

r-cran-alakazam (1.1.0-1 b1 [amd64], 1.1.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

r-cran-sdmtools (1.1-221.2-1 b1)

Species Distribution Modelling Tools

r-cran-shazam (1.0.2-1)

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

r-cran-tigger (1.0.0-1)

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

racon (1.4.20-1)

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

radiant (2.7.1 dfsg-4)

explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

ragout (2.3-2 b1)

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

ragout-examples (2.3-2)

Reference-Assisted Genome Ordering UTility (example data)

rambo-k (1.21 dfsg-3)

Read Assignment Method Based On K-mers

rampler (2.0.0-1)

module for sampling genomic sequences

rapmap (0.15.0 dfsg-1 b2)

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

rapmap-dev (0.15.0 dfsg-1)

rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping (some headers)

rapmap-example-data (0.15.0 dfsg-1)

example data for rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping

rasmol (2.7.6.0-2)

visualisation de macromolécules biologiques

raster3d (3.0-7-2)

outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

rate4site (3.0.0-7)

detector of conserved amino-acid sites

rawtran (1.1-1 b2)

RAW photo to FITS converter

raxml (8.2.12 dfsg-6 b4)

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

ray (2.3.1-7)

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data

ray-extra (2.3.1-7)

Scripts and XSL sheets for post-processing for ray

rdkit-data (202009.4-1)

Collection of cheminformatics and machine-learning software (data files)

rdp-classifier (2.10.2-5)

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

readseq (1-14)

conversion entre formats de séquences

readucks (0.0.3-2)

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)

reapr (1.0.18 dfsg-5)

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

recan (0.1.2-2)

tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

refmac-dictionary (5.41-2)

dictionary for macromolecular refinement and model building

relion (3.1.0-4)

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-cuda (3.1.0-2) [contrib]

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-gui (3.1.0-4)

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-gui-cuda (3.1.0-2) [contrib]

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

repeatmasker-recon (1.08-6)

finds repeat families from biological sequences

reprof (1.0.1-7)

prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

resfinder (3.2-3)

identify acquired antimicrobial resistance genes

resfinder-db (0.0 git20200408.0322c0d-1)

base de données de Resfinder composée d’une base soigneusement choisie de gènes de résistance acquis

resfinder-example (3.2-3)

identify acquired antimicrobial resistance genes (example data)

rna-star (2.7.8a dfsg-2)

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

rnahybrid (2.1.2-6)

prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

roary (3.13.0 dfsg-1)

pipeline de pangénome autonome et très rapide

rocketcea (1.1.18 dfsg-2)

NASA Chemical Equilibrium, wrapped in Python

roguenarok (1.0-4)

versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

rsem (1.3.3 dfsg-1)

RNA-Seq by Expectation-Maximization

rtax (0.984-7)

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

ruby-getspg (1.16.1-1)

C library for crystal symmetry determination - Ruby bindings

ruby-rgfa (1.3.1 dfsg-2)

parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

runcircos-gui (0.0 git20200528.82dda8c-1)

outil graphique pour exécuter circos

sac2mseed (1.12 ds1-3)

Convert SAC waveform data to MiniSEED

saga (7.3.0 dfsg-5)

système d’analyses automatisées géoscientifiques

saga-common (7.3.0 dfsg-5)

SAGA GIS architecture independent files

saint (2.5.0 dfsg-4)

Significance Analysis of INTeractome

salmid (0.1.23-2)

rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data

salmon (1.4.0 ds1-1 b4)

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

sambamba (0.8.0-1)

outils pour travailler avec des données SAM/BAM

samblaster (0.1.26-1)

marks duplicates, extracts discordant/split reads

samclip (0.4.0-2)

filter SAM file for soft and hard clipped alignments

samtools (1.11-1)

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

samtools-test (1.11-1)

test files for the samtools package

saods9 (8.2 repack-2)

outil d’affichage d’image pour l’astronomie

sasview (5.0.3-3)

Small Angle Scattering Analysis suite

sat4j (2.3.5-0.3)

bibliothèque de solveurs SAT en Java

savi (1.5.1-4)

représentation de constellations satellitaires

sbmltoolbox (4.1.0-5)

libsbml toolbox for octave and matlab

scamp (2.10.0-2)

Compute astrometric and photometric solutions

science-config (1.14.2)

paquet de configuration pour le projet Debian Science

science-dataacquisition-dev (1.14.2)

Debian Science data acquisition development packages

science-electronics (1.14.2)

paquet de transition pour l’électronique de Debian Science

science-engineering-dev (1.14.2)

Debian Science Engineering-dev packages

science-highenergy-physics (1.14.2)

Debian Science High Energy Physics packages

science-highenergy-physics-dev (1.14.2)

Debian Science High Energy Physics development packages

science-machine-learning (1.14.2)

paquets pour l’apprentissage automatique de Debian Science

science-mathematics-dev (1.14.2)

Debian Science Mathematics-dev packages

science-meteorology-dev (1.14.2)

Debian Science Meteorology-dev packages

science-nanoscale-physics (1.14.2)

paquets Debian pour les nanosciences

science-nanoscale-physics-dev (1.14.2)

paquets de développement Debian pour les nanosciences

science-neuroscience-cognitive (1.14.2)

paquets pour les neurosciences cognitives de Debian Science

science-neuroscience-modeling (1.14.2)

paquets de Debian Science pour la modélisation de systèmes neuronaux

science-physics-dev (1.14.2)

Debian Science Physics-dev packages

science-robotics-dev (1.14.2)

Debian Robotics development packages

science-tasks (1.14.2)

tâches de Debian Science pour tasksel

science-viewing-dev (1.14.2)

Debian Science development of visualisation applications

scoary (1.6.16-2)

pangenome-wide association studies

scram (0.16.2-3)

outil d’analyse probabiliste de risque

scram-gui (0.16.2-3)

frontal graphique pour SCRAM

scrappie (1.4.2-7)

basecaller for Nanopore sequencer

scrm (1.7.4-1)

simulator of evolution of genetic sequences

sctk (2.4.10-20151007-1312Z dfsg2-3.1)

boite à outils de notation de reconnaissance automatique de la parole

scythe (0.994 git20141017.20d3cff-3)

élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

sdaps (1.9.8-0.1 b1)

scripts for data acquisition with paper-based surveys

sdrangelove (0.0.1.20150707-5)

radio logicielle d'Osmocom

seaview (1:5.0.4-1)

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

secrecy (0.0.2 dfsg-2)

outil pour gérer les clés de libsecrecy et les fichiers chiffrés

seer (1.1.4-5)

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

segemehl (0.3.4-3)

associations de lectures courtes avec des trous

segyio-bin (1.8.3-1 b4)

SEG-Y read/write library for seismic processing (shell utilities)

sentencepiece (0.1.95-1)

Unsupervised text tokenizer and detokenizer

sepp (4.3.10 dfsg-5)

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

seq-gen (1.3.4-2) [non-free]

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences

seqan-apps (2.4.0 dfsg-14)

C library for the analysis of biological sequences

seqcluster (1.2.7 ds-1) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

seqkit (0.15.0 ds-2 b5)

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqkit-examples (0.15.0 ds-2)

examples for seqkit: toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqmagick (0.8.4-1)

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

seqprep (1.3.2-5)

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

seqprep-data (1.3.2-5)

ensemble de données d’exemple pour seqprep – pour tests uniquement

seqsero (1.0.1 dfsg-4)

Salmonella serotyping from genome sequencing data

seqtk (1.3-2)

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

seriation (0.1 git20201220.04e6202-1)

finds a suitable linear order for a set of objects

seriation-data (0.1 git20201220.04e6202-1)

test data for seriation

sextractor (2.25.0 ds-3)

paquet factice de transition pour un changement de nom

sga (0.10.15-5)

de novo genome assembler that uses string graphs

shapeit4 (4.2.0 dfsg-1)

fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing)

shasta (0.7.0-3)

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

shelxle (1.0.1179-1)

interface graphique pour SHELXL

shovill (1.1.0-4)

assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

shovill-examples (1.1.0-4)

Test Data for shovill

sibelia (3.0.7 dfsg-3)

comparative genomics tool

sibelia-examples (3.0.7 dfsg-3)

comparative genomics tool (example data)

sibsim4 (0.20-5)

Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

sickle (1.33 git20150314.f3d6ae3-2)

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

siconos (4.3.1 dfsg-2)

modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (simulation runner tool)

siconos-mechanics-tools (4.3.1 dfsg-2)

modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (mechanics tools)

sift (4.0.3b-6 b1) [non-free]

predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect

sigma-align (1.1.3-8)

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

sigviewer (0.6.4-1)

visionneur graphique pour biosignaux tels que EEG, EMG et ECG

silx (0.14.0 dfsg-1)

boite à outils pour l’analyse de données de rayons X – exécutables

sim4 (0.0.20121010-8)

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

sim4db (0~20150903 r2013-8 b1)

alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

simka (1.5.3-4)

comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simkamin (1.5.3-4)

approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simrisc (14.02.00-1)

simulation model for breast cancer risk

siril (0.99.8.1-1)

outil de traitement d'images astronomiques

siril-common (0.99.8.1-1)

architecture-independent files for siril

skesa (2.4.0-1)

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

skewer (0.2.2-2)

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skycat (3.1.2 starlink1~b dfsg-5 b3)

Image visualization and access to catalogs and data for astronomy

slang-xfig (0.2.0~.117-2)

tracés et dessins avec fig2dev d’Xfig en utilisant S-lang

smalt (0.7.6-9)

Sequence Mapping and Alignment Tool

smalt-examples (0.7.6-9)

Sequence Mapping and Alignment Tool (examples)

smithwaterman (0.0 git20160702.2610e25-11)

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

smrtanalysis (0~20210111)

software suite for single molecule, real-time sequencing

snakemake (5.24.1-2)

pythonic workflow management system

snap (2013-11-29-11)

location of genes from DNA sequence with hidden markov model

snap-aligner (1.0.0 dfsg-2 b1)

Scalable Nucleotide Alignment Program

snaphu (2.0.4-1) [non-free]

Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for 2D Phase Unwrapping

sniffles (1.0.12b ds-1)

structural variation caller using third-generation sequencing

snp-sites (2.5.1-1)

code binaire pour le paquet snp-sites

snpomatic (1.0-5)

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

soapaligner (2.20-5)

aligner of short reads of next generation sequencers

soapdenovo (1.05-6)

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

soapdenovo2 (242 dfsg-1)

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

soapsnp (1.03-4)

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

solvate (1.0-3) [non-free]

arranges water molecules around protein structures

solvate-doc (1.0-3) [non-free]

Documentation for solvate

sortmerna (2.1-5)

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

source-extractor (2.25.0 ds-3)

extracteur de sources dans des images astronomiques

spaced (1.2.0-201605 dfsg-2)

alignment-free sequence comparison using spaced words

spades (3.13.1 dfsg-2 b2)

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

spaln (2.4.1 dfsg-3)

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

spaln-data (2.4.1 dfsg-3)

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

spass (3.9-1.1)

démonstrateur automatique de théorème pour la logique du premier ordre avec égalité

spatialite-bin (5.0.1-1)

extension géospatiale pour SQLite – outils

splash (2.10.1-1)

outil de visualisation pour la simulation de l’hydrodynamique des particules lissées

spoa (4.0.7 ds-1 b1)

SIMD partial order alignment tool

sprai (0.9.9.23 dfsg1-2)

single-pass sequencing read accuracy improver

spread-phy (1.0.7 dfsg-3)

analyze and visualize phylogeographic reconstructions

spview (2.0.0~beta2-2)

Spectrum Viewer

squizz (0.99d dfsg-3)

convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements

sra-toolkit (2.10.9 dfsg-2)

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

srst2 (0.2.0-8)

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

ssake (4.0-3)

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

ssake-examples (4.0-3)

example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

sspace (2.1.1 dfsg-5)

scaffolding pre-assembled contigs after extension

ssw-align (1.1-13)

aligneur Smith-Waterman basé sur libssw

stacks (2.55 dfsg-1)

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

staden (2.0.0 b11-4 b1)

DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

staden-common (2.0.0 b11-4)

Architecture independent files for Staden

staden-io-lib-examples (1.14.13-4)

programs for manipulating DNA sequencing files (usage examples)

staden-io-lib-utils (1.14.13-4)

programs for manipulating DNA sequencing files

stardata-common (0.8 b1)

cadriciel commun de gestion des paquets pour l’astronomie

starplot (0.95.5-8.3)

Un afficheur de carte stellaire en perspective 3D

starpu-contrib-examples (1.3.7 dfsg-3) [contrib]

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

starpu-examples (1.3.7 dfsg-3)

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

stellarium (0.20.4-3)

générateur de ciel photo-réaliste en temps réel

stellarium-data (0.20.4-3)

fichiers de données pour stellarium

step (4:20.12.1-1)

simulateur interactif pour la physique de KDE

stiff (2.4.0-5)

conversion d’images scientifiques FITS dans le format TIFF

stilts (3.4-2)

Starlink Tables Infrastructure Library Tool Set

stimfit (0.16.0-1 b4)

Programme pour visualiser et analyser des données d’électrophysiologie

stringtie (2.1.4 ds-4)

assemble short RNAseq reads to transcripts

subread (2.0.1 dfsg-1)

boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

subread-data (2.0.1 dfsg-1)

data files for subread package

suitename (0.3.070919 git20180613.ebb1325-2)

categorize each suite in an RNA backbone

sumaclust (1.0.36 ds-1)

fast and exact clustering of genomic sequences

sumatra (1.0.36 ds-1)

fast and exact comparison and clustering of sequences

sumo (1.8.0 dfsg2-5)

Simulation of Urban MObility (SUMO)

surankco (0.0.r5 dfsg-3)

Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

survex (1.2.45-1)

logiciel de relevé et de cartographie de grotte

survex-aven (1.2.45-1)

visionneur de levé de grotte sophistiqué pour Survex

survivor (1.0.7-2)

tool set for simulating/evaluating SVs

svim (1.4.2 ds-1)

appelant de routines pour variations structurelles pour des lectures longues de séquençage

swarm (3.0.0 dfsg-2)

méthode de regroupement robuste et rapide pour des études basées sur les amplicons

swarp (2.41.4-2)

Resample and co-add together FITS images

swarp

paquet virtuel fourni par suckless-tools

swe-basic-data (1.80.00.0002-1.1)

basic data files for the libswe package

swe-standard-data (00004-1.1)

standard data for the Swiss Ephemeris

sweed (3.2.1 dfsg-5)

estimation des SNP pour leur apport évolutionnaire

syrthes (4.3.5 20200129-dfsg1-1 b1)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide

syrthes-gui (4.3.5 20200129-dfsg1-1)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – interface graphique

syrthes-tests (4.3.5 20200129-dfsg1-1)

cas à tester pour SYRTHES

syrthes-tools (4.3.5 20200129-dfsg1-1 b1)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – outils

t-coffee (13.41.0.28bdc39 dfsg-4)

alignement multiple de séquences

t-coffee-examples (13.41.0.28bdc39 dfsg-4)

exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee

tabix (1.11-4)

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

tandem-mass (1:201702011-1 b1 [amd64], 1:201702011-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines

tantan (23-1)

masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

tcd-utils (20061127-2 b2)

convertisseur de fichiers TCD (Tide Constituent Database)

tclfitsy (8.2 repack-2)

extension Tcl pour FITS

tcliis (8.2 repack-2)

Tcl IIS protocol package

terraintool (1.16-3)

création de modèles de terrain au format survex ou therion à partir de données SRTM ou NASADEM

theli (3.0.5-2)

pipeline de réduction des données d’images d’astronomie

therion (5.5.7ds1-2)

levé de cavité souterraine – logiciel de dessin en 2D et 3D

therion-viewer (5.5.7ds1-2)

levé de grotte – visualisateur 3D pour les modèles de Therion

theseus (3.3.0-9)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

theseus-examples (3.3.0-9)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance – exemples

thesias (3.1.1-1)

test des effets d’haplotypes dans les études d’associations

tiddit (2.12.0 dfsg-3 b1)

structural variant calling

tigr-glimmer (3.02b-5)

Détection de gènes dans des archées et des bactéries

timbl (6.5-3)

apprentissage automatique – Tilburg Memory Based Learner

timblserver (1.14-3)

extensions de serveur pour TiMBL

tksao (8.2 repack-2)

Tk widgets for astronomical imaging and data visualization

tm-align (20190822 dfsg-2)

alignement structurel de protéines

tnseq-transit (3.2.1-1)

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

tombo (1.5.1-2 b2)

identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

topcat (4.8-2)

Tool for OPerations on Catalogues And Tables

tophat-recondition (1.4-3)

post-processor for TopHat unmapped reads

topp (2.6.0 cleaned1-3)

ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

toppic (1.3.0 dfsg1-4 b1)

caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes

toppic-common (1.3.0 dfsg1-4)

Top-down proteoform identification and characterization (common data)

toppred (1.10-8)

transmembrane topology prediction

tortoize (2.0.1-2)

Application to calculate ramachandran z-scores

toulbar2 (1.1.1 dfsg-1)

Exact combinatorial optimization for Graphical Models

toulbar2-doc (1.1.1 dfsg-1)

Exact combinatorial optimization for Graphical Models - documentation

trace2dbest (3.0.1-2)

bulk submission of chromatogram data to dbEST

trace2dbest-doc (3.0.1-2)

Documentation and sample files for trace2dbest

tracetuner (3.0.6~beta dfsg-3)

interpretation of DNA Sanger sequencing data

transcalc (0.14-7)

calculateur de ligne de transmission RF et micro-ondes

transdecoder (5.0.1-3)

recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

transfuse (0.5.7-1)

Runs formatted documents through transformations/translation

transrate-tools (1.0.0-3)

assistant pour Transrate

transtermhp (2.09-5)

trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens

travis (200504 hf2-1)

analyse et visualisation de trajectoires

tree-ppuzzle (5.3~rc16 dfsg-8)

Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

tree-puzzle (5.3~rc16 dfsg-8)

reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

treeview (1.2.0 dfsg-1)

réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen

treeviewx (0.5.1 git20100823.7e4d0e9-3)

affiche et imprime les arbres phylogénétiques

trf (4.09.1-4)

locate and display tandem repeats in DNA sequences

trf-examples (4.09.1-4)

locate and display tandem repeats in DNA sequences (examples)

triangle-bin (1.6-3) [non-free]

High-quality 2-D mesh generator binary programs

trim-galore (0.6.6-1)

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

trimmomatic (0.39 dfsg-2)

outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

trinculo (0.96 dfsg-3)

toolkit to carry out genetic association for multi-category phenotypes

trinityrnaseq (2.11.0 dfsg-6)

assemblage de novo de séquences d’Arn

trinityrnaseq-examples (2.11.0 dfsg-6)

assemblage de novo de séquences d’Arn – fichiers de test et d’exemple

trnascan-se (2.0.7 ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

trnascan-se-common (2.0.7 ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)

tunnelx (20190701-1)

logiciel pour le levé de caverne

tvc (5.0.3 git20151221.80e144e dfsg-3 b2)

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

twms (0.07z git20201202 bb7c3f8-1)

minuscule service de cartographie web

ubertooth (2018.12.R1-5)

plateforme de développement pour sans fil 2,4 GHz et pour expérimentation Bluetooth

ubertooth-firmware (2018.12.R1-5)

micrologiciels pour Ubertooth

ubertooth-firmware-source (2018.12.R1-5)

code source du micrologiciel d’Ubertooth

uc-echo (1.12-15 b1)

algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS

ucto (0.21.1-2 b1)

analyseur lexical pour Unicode

uctodata (0.8-2)

fichiers de données pour Ucto

ucx-utils (1.10.1~rc1 really.1.10.0-1)

Utilities for the UCX messaging library

ugene (34.0 dfsg-2) [non-free]

integrated bioinformatics toolkit

ugene-data (34.0 dfsg-2) [non-free]

required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

uhd-host (3.15.0.0-4 b1)

pilote matériel universel pour les produits Ettus Research – applications hôtes

umap-learn (0.4.5 dfsg-2)

Uniform Manifold Approximation and Projection

umis (1.0.7-1 b1)

tools for processing UMI RNA-tag data

umis-examples (1.0.7-1)

outils pour traiter les données de marqueurs d’ARN – exemples

uncalled (2.2 ds-1)

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

unicycler (0.4.8 dfsg-2)

pipeline d’assemblage hybride pour des génomes bactériens

unicycler-data (0.4.8 dfsg-2)

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

units-filter (4.0-1)

analyseur d'expressions concernant des valeurs physiques

v-sim (3.7.2-8 b4)

visualisation de structures atomiques

v-sim-common (3.7.2-8)

visualisation de structures atomiques – fichiers de prise en charge

v-sim-plugins (3.7.2-8 b4)

greffons pour V_Sim (paquet de visualisation 3D)

varna (3-93 ds-3)

appliquette de visualisation d’ARN

varscan (2.4.3 dfsg-3) [non-free]

variant detection in next-generation sequencing data

vcfanno (0.3.2 ds-2 b6)

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcfanno-examples (0.3.2 ds-2)

examples for vcfanno: annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcftools (0.1.16-2)

ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

vdjtools (1.2.1 git20190311-5) [non-free]

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

velvet (1.2.10 dfsg1-7)

assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

velvet-example (1.2.10 dfsg1-7)

données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

velvet-long (1.2.10 dfsg1-7)

assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

velvet-tests (1.2.10 dfsg1-7)

données de test pour l’assembleur de séquences Velvet

velvetoptimiser (2.2.6-3)

optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo

veusz (3.3.1-1)

application de préparations scientifique 2D et 3D en mode graphique

vg (1.30.0 ds-1 b1)

tools for working with genome variation graphs

vg-docs (1.30.0 ds-1)

tools for working with genome variation graphs -- docs

vienna-rna (2.4.17 dfsg-2) [non-free]

RNA sequence analysis

virulencefinder (2.0.3 git20190809.dde157a-3)

identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria

virulencefinder-examples (2.0.3 git20190809.dde157a-3)

example data for virulencefinder

visp-images-data (3.3.0-1)

bibliothèque pour asservissement visuel – ensembles de données de référence

vistrails (3.0~git 9dc22bd-2)

boîte à outils de visualisation de flux de travail scientifique

vitables (3.0.0-1.1)

outil graphique pour éditer ou parcourir des fichiers PyTables et HDF5

vmatch (2.3.1 dfsg-6)

large scale sequence analysis software

voro (0.5 revert-to-0.4.6 dfsg1-1)

library for the computation of the Voronoi diagram

voro -examples (0.5 revert-to-0.4.6 dfsg1-1)

library for the computation of the Voronoi diagram (examples)

voronota (1.22.3149-1)

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

votca-csg (1.6.4-1)

moteur pour grosses granularités de VOTCA

votca-csg-scripts (1.6.4-1)

scripts pour grosses granularités de VOTCA

votca-csg-tutorials (1.6.4-1)

tutoriels pour grosses granularités de VOTCA

votca-tools (1.6.4-1)

VOTCA's tools library, helper binaries

votca-xtp (1.6.4-1)

VOTCA's exciton transport engine

votca-xtp-tutorials (1.6.4-1)

VOTCA's coarse-graining tutorials

vrrender (20.2.0-2)

DICOM viewer

vsearch (2.15.2-3)

outil pour le traitement de séquences métagénomiques

vsearch-examples (2.15.2-3)

données de test pour l’outil vsearch de traitement de séquences métagénomiques

vt (0.57721 ds-3)

toolset for short variant discovery in genetic sequence data

vt-examples (0.57721 ds-3)

toolset for short variant discovery in genetic sequence data (examples)

wannier90 (3.1.0 ds-4)

Maximally Localized Wannier Functions - executables

wannier90-data (3.1.0 ds-4)

Maximally Localized Wannier Functions - documentation and examples

wcslib-tools (7.4 ds-2)

Command line tools utilizing wcslib

wcstools (3.9.6-1)

gestion du WCS d’une image FITS

weightwatcher (1.12 dfsg-2)

association de cartes et polygones pour le traitement d’images astronomiques

weka (3.6.14-2)

algorithmes d'apprentissage automatique pour l’exploration de données

wham-align (0.1.5-8)

méthode Wisconsin d’alignement à haut débit

wigeon (20101212 dfsg1-4)

réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

wise (2.4.1-23)

comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

wsclean (2.10.1-1 b2)

imageur générique rapide à grand champ pour l’interférométrie

wtdbg2 (2.5-7 b1)

assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées

wtdbg2-examples (2.5-7)

Examples for wtdbg - de novo sequence assembler

wxastrocapture (1.8.1 git20140821.796e1a1 dfsg-1)

Windows linuX Astronomy Capture

x13as (1.1-B39-2) [non-free]

seasonal adjustment software for modeling time series

xbs (0-10 b1)

modèles 3D et animations de molécules

xcas (1.6.0.41 dfsg1-1)

système de calcul formel – calculateur graphique et en console

xcrysden (1.6.2-4)

visualisation de structure cristalline et moléculaire

xcrysden-data (1.6.2-4)

visualisation de structure cristalline et moléculaire – fichiers de données

xdrawchem (1:1.11.0-2)

éditeur de structures chimiques et de réactions

xeus-python-dev (0.9.5-1)

Native jupyter kernel for python (headers)

xgboost (1.2.1-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Executable)

xgterm (2.0 2020.06.15 dfsg-1)

Terminal emulator to work with IRAF

ximtool (2.0 2020.06.15 dfsg-1)

Interactive image display program for the X Window System

xmakemol (5.16-10)

programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires

xmakemol-gl (5.16-10)

programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires – OpenGL

xmds2 (3.0.0 dfsg-5)

simulateur extensible multidimensionnel

xmpsolve (3.2.1-2 b1)

résolveur multiprécision de polynômes – version graphique

xpa-tools (2.1.20-1)

outils pour une communication ininterrompue entre des programmes Unix

xplot (1.19-9 b2)

simple traceur de données en coordonnées cartésiennes sur un écran

xplot-xplot.org (0.90.7.1-4 b1 [amd64], 0.90.7.1-4 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

Outil rapide pour tracer et visualiser de nombreuses données

xppaut (6.11b 1.dfsg-1.1)

résolution de différentes sortes d’équation avec Phase Plane Plus Auto

xpython (0.9.5-1)

Native jupyter kernel for python (binary)

xtide (2.15.2-1)

prévisions des courants et marées

xtide-coastline (20020202-1.1)

données de littoral pour xtide

xtide-data (20191229-1)

données d’harmoniques pour xtide

xtide-data-nonfree (20100529-1) [non-free]

Harmonics data for xtide (Canada, Netherlands, Germany and UK)

xtpcpp (0.4.18-1)

C version of X!TandemPipeline

xyscan (4.50-1)

pilleur de données pour les scientifiques

yade (2021.01a-3)

plateforme pour la modélisation d'élément discret

yagv (0.4~20171211.r234ef16 dfsg-2)

encore un autre visionneur de G-code

yaha (0.1.83-2)

find split-read mappings on single-end queries

yale (5.0.95-2) [non-free]

stellar data set from the Yale Bright Star Catalog

yanagiba (1.0.0-2)

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

yanosim (0.1-3)

simulateur de lectures pour des ensembles de données DRS de nanopore

yorick (2.2.04 dfsg1-12)

langage interprété et graphiques scientifiques

yorick-av (0.0.5-1 b1)

production de vidéos dans divers formats depuis Yorick

yorick-cubeview (2.2-2.1)

afficheur de données 3D FITS spécialisé en imagerie spectrale

yorick-curses (0.1-6 b3 [mipsel], 0.1-6 b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Interface avec la bibliothèque (n)curses pour le langage Yorick

yorick-data (2.2.04 dfsg1-12)

bibliothèque interprétée pour le langage Yorick

yorick-dev (2.2.04 dfsg1-12)

fichiers de développement pour le langage interprété Yorick

yorick-full (2.2.04 dfsg1 full b1 [amd64], 2.2.04 dfsg1 full [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

installation complète de l'interprèteur Yorick et ses greffons

yorick-gl (1.1 cvs20070922 dfsg-6.1 b1)

gestion graphique OpenGL 3D pour le langage Yorick

yorick-gy (0.0.5-1 b1)

introspection GObject et interfaces Gtk pour Yorick

yorick-gyoto (1.4.4-3 b6)

intégration géodésique de la relativité générale pour le langage Yorick

yorick-hdf5 (0.8.0-8 b2)

Interface avec le format de fichiers HDF5 pour le langage Yorick

yorick-imutil (0.5.7-3 b1)

routines de manipulations d'images rapides pour le langage Yorick

yorick-mira (1.1.0 git20170124.3bd1c3~dfsg1-2)

reconstruction d'image d'interferométrie optique avec Yorick

yorick-ml4 (0.6.0-3 b1)

prise en charge du format de fichier Matlab pour le langage Yorick

yorick-mpeg (0.1-3 b1)

gestion de la sortie MPEG pour le langage Yorick

yorick-mpy-common (2.2.04 dfsg1-12)

Message Passing Yorick - fichiers communs

yorick-mpy-mpich2 (2.2.04 dfsg1-12)

Message Passing Yorick - basé sur MPICH2

yorick-mpy-openmpi (2.2.04 dfsg1-12)

Message Passing Yorick - basé sur OpenMPI

yorick-optimpack (1.3.2 dfsg 1.4.0-1)

optimisation pour des problèmes de grande échelle pour le langage Yorick

yorick-soy (1.4.0-3 b1)

opérations sur les matrices creuses pour le langage Yorick

yorick-svipc (0.16-5 b3)

communication interprocessus pour Yorick – mémoire partagée…

yorick-yeti (6.4.0-1)

module utilitaire pour le langage Yorick

yorick-yeti-fftw (6.4.0-1)

greffon FFT pour le langage Yorick

yorick-yeti-regex (6.4.0-1)

expressions rationnelles POSIX pour le langage Yorick

yorick-yeti-tiff (6.4.0-1)

lecture du format d’image TIFF pour le langage Yorick

yorick-ygsl (1.2.1-1 b3 [mips64el], 1.2.1-1 b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

greffon pour des fonctions GSL spéciales, pour le langage Yorick

yorick-ynfft (1.0.3-1 b1)

transformation de Fourier rapide non uniforme pour Yorick

yorick-yutils (1.5.2-1.1)

divers utilitaires pour le langage Yorick

yorick-z (1.2.0 cvs20080115-5 b3)

prise en charge de zlib, jpeg et png par le langage Yorick

z3 (4.8.10-1)

justificateur de théorème de Microsoft Research

z88 (13.0.0 dfsg2-6)

programme d'analyse d'éléments finis - exécution

z88-data (13.0.0 dfsg2-6)

programme d'analyse d'éléments finis - données

zalign (0.9.1-5)

alignement parallèle local de séquences biologiques

zegrapher (3.1.1-1)

tracé de courbes planes pour des fonctions et des suites mathématiques

ztex-bmp (20120314-2 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel], 20120314-2 [ppc64el])

analyseur universel de macro