Paquet : salmon (1.4.0 ds1-1 et autres)

Liens pour salmon

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source salmon :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Salmon is a wicked-fast program to produce a highly-accurate, transcript-level quantification estimates from RNA-seq data. Salmon achieves is accuracy and speed via a number of different innovations, including the use of lightweight alignments (accurate but fast-to-compute proxies for traditional read alignments) and massively-parallel stochastic collapsed variational inference. The result is a versatile tool that fits nicely into many different pipelines. For example, you can choose to make use of the lightweight alignments by providing Salmon with raw sequencing reads, or, if it is more convenient, you can provide Salmon with regular alignments (e.g. computed with your favorite aligner), and it will use the same wicked-fast, state-of-the-art inference algorithm to estimate transcript-level abundances for your experiment.

Autres paquets associés à salmon

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque d'options de programmes pour C
dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]
dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

general-purpose scalable concurrent malloc(3) implementation
dep: libjs-sphinxdoc (>= 2.4.3-5~)

prise en charge de JavaScript pour la documentation de Sphinx
dep: libstaden-read14 (>= 1.14.12)

Staden library for reading and writing DNA sequencing results
dep: libstdc 6 (>= 9)

bibliothèque standard C de GNU v3
dep: libtbb2 (>= 2017~U7) [amd64]

bibliothèque de parallélisme pour C – environnement d’exécution

dep: libtbb2 (>= 2020.3) [arm64]
dep: sphinx-rtd-theme-common (>= 0.5.1 dfsg)

sphinx theme from readthedocs.org (common files)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger salmon

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.4.0 ds1-1 b4	2 168,9 ko	8 433,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.4.0 ds1-1 b4	1 998,2 ko	7 121,0 ko	[liste des fichiers]