Paquet : rna-star (2.7.8a dfsg-2)

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Il s’agit du logiciel STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) basé sur un algorithme, non décrit auparavant, d'alignement de RNA-seq qui utilise la recherche séquentielle de « graines  » pour une cartographie maximale dans des tableaux de suffixes non compressés suivis par le regroupement de graines (seed clustering) et la procédure de ligature (stitching). STAR surpasse les autres aligneurs d’un facteur supérieur à cinquante dans la vitesse de cartographie, alignant pour le génome humain 550 millions de lectures « paired-end » 2 × 76 pb par heure sur un modeste serveur de douze cœurs, tout en améliorant la sensibilité et la précision. En plus de la détection de novo neutre de jonctions canoniques, STAR peut découvrir les transcriptions de ligature non canonique et de fusion, et il peut aussi réaliser une cartographie des séquences d’ARN complètes. En utilisant le séquençage Roche 454 d’amplicons de réaction en chaîne par polymérase et transcription inverse, les auteurs ont validé expérimentalement 1960 nouvelles jonctions de ligature intergénique avec un taux de succès de 80- 90 %, corroborant la précision élevée de la stratégie de cartographie de STAR.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c , Rôle: Programme, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

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