Paquet : bowtie (1.3.0 dfsg1-1)

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Page d'accueil [bowtie-bio.sourceforge.net]

Paquets similaires :

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN. Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à chaque exécution.

Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux extrémités).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c , interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, But: Analyse, use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à bowtie

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recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.27)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc 6 (>= 9)

bibliothèque standard C de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: bowtie-examples

exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 599,8 ko	6 884,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 232,5 ko	6 048,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1 066,9 ko	7 862,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 392,5 ko	8 020,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1 312,7 ko	6 768,0 ko	[liste des fichiers]