Paquet : velvet (1.2.10+dfsg1-8)

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Paquets similaires :

assembleur de séquences d"acides nucléiques pour de très courtes lectures

Velvet est un assembleur génomique de type de novo (assemblage de lectures courtes pour créer des séquences de pleine longueur) spécialement conçu pour les technologies de séquençage à lecture courte, telles que Solexa de l"entreprise Illumina ou 454 de l"entreprise Roche, développées par Daniel Zerbino et Ewan Birney au centre de recherche European Bioinformatics Institute (EBI) qui fait partie du European Molecular Biology Laboratory (EMBL), proche de Cambridge, au Royaume-Uni .

Le logiciel Velvet prend actuellement des séquences de lectures courtes, enlève les erreurs puis produit des contigs uniques de haute qualité. Il utilise alors les informations de lecture des paires, si elles sont disponibles, pour extraire les zones répétées entre les contigs.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, But: Analyse

Autres paquets associés à velvet

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recommandations

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enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgomp1 (>= 4.9)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: velvet-example

données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	658,0 ko	1 256,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	637,2 ko	1 333,0 ko	[liste des fichiers]
armel	655,1 ko	1 459,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	638,3 ko	1 075,0 ko	[liste des fichiers]
i386	685,9 ko	1 453,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	654,7 ko	1 511,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	675,5 ko	1 632,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	667,2 ko	1 589,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	642,5 ko	1 301,0 ko	[liste des fichiers]