Paquet : maffilter (1.3.1+dfsg-4)

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Ressources externes :

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Paquets similaires :

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Autres paquets associés à maffilter

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

bibliothèque principale de Bio++
dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

bibliothèque de phylogénétique de Bio++ – composants génomiques
dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

bibliothèque de phylogénétique de Bio++
dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

bibliothèque de séquences pour Bio++ – composants génomiques
dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

bibliothèque de séquences pour Bio++
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

sug: maffilter-examples

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Télécharger maffilter

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	254,0 ko	1 312,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	233,3 ko	1 304,0 ko	[liste des fichiers]
armel	215,3 ko	1 175,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	221,0 ko	1 047,0 ko	[liste des fichiers]
i386	260,8 ko	1 291,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	219,1 ko	1 488,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	220,3 ko	1 413,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	252,9 ko	1 432,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	231,5 ko	1 324,0 ko	[liste des fichiers]