Paket: umis (1.0.9-2)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Andere Pakete mit Bezug zu umis

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.4)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.12~)
dep: python3-click

Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-regex

Alternatives Modul für reguläre Ausdrücke (Python 3)
dep: python3-scipy

Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3
dep: python3-toolz

List processing tools and functional utilities

sug: umis-examples

tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

umis herunterladen

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	30,8 kB	123,0 kB	[Liste der Dateien]