Paket: tree-ppuzzle (5.3~rc16 dfsg-12)

Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives Konsolenprogramm, das einen schnellen Suchalgorithmus über einen Baum, sogenanntes »Quartet Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer Datenmengen und trifft automatisch Entscheidungen über die Anordnung der jeweiligen Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels der paarweisen Maximum-Likelihood-Methode Abstände und Längen von Verzweigungen für vom Benutzer definierte Bäume. Die Längen der Verzweigungen können auch unter der »Clock-Assumption« berechnet werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine neue Methode, das »Likelihood Mapping«, um die Anordnung einer hypothetischen internen Verzweigung zu untersuchen, ohne den gesamten Baum zu berechnen und um den phylogenetischen Zusammenhang eines Sequenzalignments anzuzeigen.

Dies ist eine parallelisierte Version von tree-puzzle.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

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