[ Quellcode: stacks ]
Paket: stacks (2.68 dfsg-1)
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Externe Ressourcen:
- Homepage [creskolab.uoregon.edu]
Ähnliche Pakete:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Andere Pakete mit Bezug zu stacks
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- dep: bsdextrautils
- extra utilities from 4.4BSD-Lite
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
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- dep: libstdc 6 (>= 14)
- GNU-Implementierung der Standard-C -Bibliothek (Version 3)
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- Modul für die Erzeugung von Excel-Tabellen
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- rec: littler
- Kommandozeilen- und Skripting-Frontend für GNU R -- Übergangspaket
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-cran-littler
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- sug: gdb
- GNU-Debugger
stacks herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| armel | 1.021,0 kB | 5.341,0 kB | [Liste der Dateien] |