[ Quellcode: nanopolish ]
Paket: nanopolish (0.14.0-1 und andere)
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Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)
- Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
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- dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libstdc 6 (>= 14)
- GNU-Implementierung der Standard-C -Bibliothek (Version 3)
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- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: python3-biopython
- Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
nanopolish herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| armel | 0.14.0-1 b2 | 2.085,0 kB | 9.533,0 kB | [Liste der Dateien] |