Paket: cnvkit (0.9.10-3~0exp0)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [cnvkit.readthedocs.org]

Experimentelles Paket

Warnung: Dieses Paket stammt aus der Experimental-Distribution. Dies bedeutet, dass es höchstwahrscheinlich instabil oder fehlerhaft ist und sogar Datenverlust verursachen kann. Bitte lesen Sie den Changelog und andere möglicherweise verfügbare Dokumentation, bevor Sie es benutzen.

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.

Andere Pakete mit Bezug zu cnvkit

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-biopython

Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
dep: python3-matplotlib

Python-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen
dep: python3-numpy

Python library for numerical computations (Python 3)
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pomegranate

Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling
dep: python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-reportlab

Python3-Bibliothek zur Erzeugung von PDF-Dokumenten
dep: python3-scipy

Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3
dep: python3-sklearn

Python modules for machine learning and data mining - Python 3
dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

R package: DNA copy number data analysis

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Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	19.048,0 kB	94.731,0 kB	[Liste der Dateien]