Paket: bioperl-run (1.7.2-4)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [metacpan.org]

BioPerl-Hüllen: Skripte

Enthält Skripte aus dem Paket BioPerl-Run. Dieses Paket installiert auch alle einhüllbaren Anwendungen, für die es Debian-Pakete gibt. Die nicht-freien Pakete werden von diesem Paket vorgeschlagen.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu bioperl-run

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.2-4)

BioPerl wrappers: modules
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

rec: amap-align

Protein multiple alignment by sequence annealing
rec: bedtools

Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
rec: blast2

transitional dummy package to ncbi-blast -legacy
rec: bowtie

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
rec: clustalw

Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen
rec: emboss

Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie
rec: exonerate

Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich
rec: hmmer

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
rec: hyphy-mpi

Hypothesentest unter Verwendung von Phylogenie (MPI-Version)
rec: infernal

Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur
rec: kalign

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment
rec: mafft

Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
rec: maq

Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen
rec: muscle

Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen
rec: ncoils

coiled coil secondary structure prediction
rec: phylip

package of programs for inferring phylogenies
rec: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
rec: primer3

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
rec: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
rec: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
rec: sim4

Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA
rec: t-coffee

Multiple Sequence Alignment
rec: tigr-glimmer

Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien
rec: wise

Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen

sug: gmap

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
sug: paml

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

bioperl-run herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	44,2 kB	104,0 kB	[Liste der Dateien]