[ Quellcode: picard-tools ]
Paket: picard-tools (2.24.1 dfsg-1)
Links für picard-tools
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket picard-tools herunterladen:
- [picard-tools_2.24.1 dfsg-1.dsc]
- [picard-tools_2.24.1 dfsg.orig.tar.xz]
- [picard-tools_2.24.1 dfsg-1.debian.tar.xz]
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Olivier Sallou (QS-Seite)
- Vincent Danjean (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Steffen Moeller (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [broadinstitute.github.io]
Ähnliche Pakete:
Kommandozeilenwerkzeuge zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien
Das generische Format SAM (Sequence Alignment/Map) speichert große Nukleotid-Sequenzalignments. Die Picard Tools enthalten folgende Werkzeuge, um SAM- und BAM-Dateien zu bearbeiten:
AddCommentsToBam FifoBuffer AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads BaitDesigner FilterVcf BamIndexStats FixMateInformation BamToBfq GatherBamFiles BedToIntervalList GatherVcfs BuildBamIndex GenotypeConcordance CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList CheckTerminatorBlock LiftoverVcf CleanSam MakeSitesOnlyVcf CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf CollectRawWgsMetrics ReorderSam CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter CollectVariantCallingMetrics SamToFastq CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs CompareMetrics SortSam CompareSAMs SortVcf ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary CreateSequenceDictionary SplitVcfs DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter ExtractSequences VcfToIntervalList FastqToSam ViewSam
Andere Pakete mit Bezug zu picard-tools
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- dep: default-jre
- Standard-Java- oder Java-kompatible Laufzeitumgebung
- oder java6-runtime
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre
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- dep: libpicard-java (= 2.24.1 dfsg-1)
- Java-Bibliothek zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien
picard-tools herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| all | 305,5 kB | 331,0 kB | [Liste der Dateien] |