Paket: maq (0.7.1-9)

Links für maq

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket maq herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [maq.sourceforge.net]

Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

Maq (kurz für Mapping and Assembly with Quality) erstellt kartierende Anordnungen von kurzen DNA-Sequenzen, wie sie von Sequenziergeräten der nächsten Generation erzeugt werden. Das Programm wurde speziell für den Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer entwickelt und hat eine erste Implementierung für den Umgang mit mit ABI-SOLiD-Daten. Maq war zuvor bekannt als mapass2.

Die Entwicklung von Maq wurde im Jahr 2008 eingestellt. Seine Nachfolger sind BWA und SAMtools.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Benötige eine zusätzliche Markierung, Analyse, use::comparing, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andere Pakete mit Bezug zu maq

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nicht amd64, armel, armhf, s390x]
dep: libstdc++6 (>= 5)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sug: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
sug: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

maq herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	295,7 kB	543,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	286,7 kB	519,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	285,5 kB	530,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	286,9 kB	474,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	306,2 kB	575,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	296,9 kB	578,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	303,5 kB	577,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	304,8 kB	647,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	288,4 kB	547,0 kB	[Liste der Dateien]