Paket: bedtools (2.30.0 dfsg-1)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

Mit den Hilfswerkzeugen BEDTools können gewöhnliche genomische Aufgaben erledigt werden, etwa überlappende Merkmale und Berechnung der Abdeckung. Die Hilfswerkzeuge basieren großteils auf vier weit verbreiteten Dateiformaten: BED, GFF/GTF, VCF und SAM/BAM. Mit den BEDTools können ausgeklügelte Pipelines entwickelt werden, die komplizierte Forschungsfragen beantworten, indem verschiedene BEDTools zusammenarbeiten.

Das Dienstprogramm groupBy wird im Paket filo verteilt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c , interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Suite, Zweck: use::analysing, use::comparing, Daten-Konvertierung, use::filtering, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu bedtools

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbz2-1.0

Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, mipsel, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha 20120614)

Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat
dep: libstdc 6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C -Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

bedtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	647,5 kB	2.060,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	565,4 kB	1.864,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	535,4 kB	1.759,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	559,3 kB	1.275,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	708,4 kB	2.275,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	585,1 kB	2.591,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	603,6 kB	2.459,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	663,0 kB	2.520,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	567,1 kB	2.100,0 kB	[Liste der Dateien]