Package: ea-utils (1.1.2 dfsg-9 and others)

Links for ea-utils

Debian Resources:

Download Source Package ea-utils:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Tim Booth (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [expressionanalysis.github.io]

Similar packages:

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata

Ea-utils tilbyder et sæt af værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata, stregkodedemultiplexing, adaptertrimming etc.

Primært skrevet for at understøtte en Ilumina-baseret datakanal - men bør fungere med enhver FASTQ.

De vigtigste værktøjer er:

 * fastq-mcf

Skanner en sekvensfil for adaptere og baseret på en logskaleret tærskel bestemmes et sæt af klippende parametre og klipningen udføres. Udfører også detektering af skævvridning og kvalitetfiltrering.

 * fast-multx

Demultiplexer en fastq. Kan automatisk bestemme stregjkode-id'er baseret på et mastersætfelt. Bevarer flere læsninger i synkronisering under demultiplexing. Kan også verificere at læsninger er synkrone og fejler hvis ikke.

 * fast-join

Svarer til audy' stitch-program, men i C, mere effektivt og understøtter nogle automatiske sammenligninger og indstillingsforbedringer. Den bruger den samme »kvadreret afstand til forankrede tilpasning« som andre værktøjer.

 * varcall

Tager en samling og beregner varianter på en mere parameteropbygget måde end andre værktøjer.

Other Packages Related to ea-utils

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, riscv64]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libgsl28 (>= 2.8 dfsg)

GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke
dep: libstdc 6 (>= 13.1)

GNU Standard C bibliotek v3
dep: r-base-core

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
dep: r-cran-formula

GNU R-pakke for udvidede modelformler
dep: r-cran-getopt

GNU R-pakke der tilbyder funktionalitet på kommandolinjen til fortolkning
dep: r-cran-ggplot2

Implementering af Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

GNU R - diverse funktioner af Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

GNU R-pakke for »Trellis«-grafik
dep: r-cran-survival

GNU R-pakke for overlevelsesanalyse
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med - generel konfigurationspakke

Download ea-utils

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.1.2 dfsg-9 b3	239.9 kB	762.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.2 dfsg-9 b3	215.3 kB	1,002.0 kB	[list of files]
armel	1.1.2 dfsg-9 b3	213.0 kB	699.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.2 dfsg-9 b3	210.8 kB	547.0 kB	[list of files]
i386	1.1.2 dfsg-9 b3	250.4 kB	779.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.2 dfsg-9 b3	232.0 kB	1,093.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.2 dfsg-9 b3	243.5 kB	1,066.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.2 dfsg-9 b2	234.3 kB	638.0 kB	[list of files]
s390x	1.1.2 dfsg-9 b3	234.9 kB	786.0 kB	[list of files]