Package: freecontact (1.0.21-14)
Links for freecontact
Debian Resources:
Download Source Package freecontact:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [rostlab.org]
Similar packages:
Hurtig protein-kontaktprædiktor
FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).
FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.
En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.
Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.
Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).
Other Packages Related to freecontact
|
|
|
|
-
- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)
- bibliotek til programindstillinger for C
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)
- Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc 6 (>= 14)
- GNU Standard C bibliotek v3
-
- dep: libxerces-c3.2t64
- validating XML parser library for C
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- sug: bash-completion
- Programmerbar færdiggørelse for bashskallen
-
- sug: hhsuite
- Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
-
- sug: hmmer
- Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
Download freecontact
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| armel | 321.2 kB | 1,625.0 kB | [list of files] |