Package: ea-utils (1.1.2 dfsg-5)

Links for ea-utils

Debian Resources:

Download Source Package ea-utils:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Tim Booth (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [expressionanalysis.github.io]

Similar packages:

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata

Ea-utils tilbyder et sæt af værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata, stregkodedemultiplexing, adaptertrimming etc.

Primært skrevet for at understøtte en Ilumina-baseret datakanal - men bør fungere med enhver FASTQ.

De vigtigste værktøjer er:

 * fastq-mcf

Skanner en sekvensfil for adaptere og baseret på en logskaleret tærskel bestemmes et sæt af klippende parametre og klipningen udføres. Udfører også detektering af skævvridning og kvalitetfiltrering.

 * fast-multx

Demultiplexer en fastq. Kan automatisk bestemme stregjkode-id'er baseret på et mastersætfelt. Bevarer flere læsninger i synkronisering under demultiplexing. Kan også verificere at læsninger er synkrone og fejler hvis ikke.

 * fast-join

Svarer til audy' stitch-program, men i C, mere effektivt og understøtter nogle automatiske sammenligninger og indstillingsforbedringer. Den bruger den samme »kvadreret afstand til forankrede tilpasning« som andre værktøjer.

 * varcall

Tager en samling og beregner varianter på en mere parameteropbygget måde end andre værktøjer.

Other Packages Related to ea-utils

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.15) [armhf]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.27) [amd64, i386]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
dep: libgsl23

GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke
dep: libgslcblas0

GNU Scientific Library (GSL) - blas-bibliotekspakke
dep: libstdc 6 (>= 5.2)

GNU Standard C bibliotek v3
dep: r-base-core

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
dep: r-cran-formula

GNU R-pakke for udvidede modelformler
dep: r-cran-getopt

GNU R-pakke der tilbyder funktionalitet på kommandolinjen til fortolkning
dep: r-cran-ggplot2

Implementering af Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

GNU R - diverse funktioner af Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

GNU R-pakke for »Trellis«-grafik
dep: r-cran-survival

GNU R-pakke for overlevelsesanalyse
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med - generel konfigurationspakke

Download ea-utils

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	219.8 kB	724.0 kB	[list of files]
arm64	153.1 kB	524.0 kB	[list of files]
armhf	150.1 kB	408.0 kB	[list of files]
i386	228.1 kB	736.0 kB	[list of files]