Package: augustus (3.3.2 dfsg-2)

Links for augustus

Debian Resources:

Download Source Package augustus:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [bioinf.uni-greifswald.de]

Similar packages:

Genforudsigelse i eukaryote genomer

AUGUSTUS er et program til genforudsigelse i eukaryote genomsekvenser, som er baseret på en generel skjult Markovmodel (HMM), en probabilistisk model af en sekvens og dens genstruktur. Efter at have lært genstrukturer fra en referenceanmærkning, bruger AUGUSTUS HMM til at genkende gener i en ny sekvens og anmærke dem med regioner af identificerede gener. Eksterne fif, f.eks. fra RNA-sekventering, EST eller proteinsammenligninger etc. kan bruges til at guide og forbedre genkonstateringsprocessen. Resultatet er det sæt af mest sandsynlige genstrukturer, der opfylder alle givne brugerbegrænsninger, hvis sådanne genstrukturer findes. AUGUSTUS indeholder allerede præbyggede HMM'er til mange arter, såvel som skripter til at træne brugerdefinerede modeller ved hjælp af kommenterede genomer.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c , interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

depends

recommends

suggests

enhances

dep: augustus-data

Datafiler for AUGUSTUS
dep: libbamtools2.5.1

Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
dep: libbz2-1.0

højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid
dep: libc6 (>= 2.15) [not arm64]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (NSS-variant)
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]
dep: libhts2 (>= 1.0)

C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha 20110809)

Kompressionsbibliotek for XZ-formatet
dep: libncurses6 (>= 6)

delte biblioteker til terminalhåndtering
dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

Secure Sockets Layer-værktøjssæt - delte biblioteker
dep: libstdc 6 (>= 6)

GNU Standard C bibliotek v3
dep: libtinfo6 (>= 6)

delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download augustus

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,134.7 kB	4,787.0 kB	[list of files]
arm64	992.1 kB	4,349.0 kB	[list of files]
armhf	952.2 kB	3,255.0 kB	[list of files]