Package: augustus (3.4.0 dfsg2-2)

Links for augustus

Debian Resources:

Download Source Package augustus:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [bioinf.uni-greifswald.de]

Similar packages:

Genforudsigelse i eukaryote genomer

AUGUSTUS er et program til genforudsigelse i eukaryote genomsekvenser, som er baseret på en generel skjult Markovmodel (HMM), en probabilistisk model af en sekvens og dens genstruktur. Efter at have lært genstrukturer fra en referenceanmærkning, bruger AUGUSTUS HMM til at genkende gener i en ny sekvens og anmærke dem med regioner af identificerede gener. Eksterne fif, f.eks. fra RNA-sekventering, EST eller proteinsammenligninger etc. kan bruges til at guide og forbedre genkonstateringsprocessen. Resultatet er det sæt af mest sandsynlige genstrukturer, der opfylder alle givne brugerbegrænsninger, hvis sådanne genstrukturer findes. AUGUSTUS indeholder allerede præbyggede HMM'er til mange arter, såvel som skripter til at træne brugerdefinerede modeller ved hjælp af kommenterede genomer.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c , interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

depends

recommends

suggests

enhances

dep: augustus-data

Datafiler for AUGUSTUS
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1 dfsg)

Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

Bibliotek for Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

Column approximate minimum degree ordering-bibliotek for tynde matricer
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgsl25 (>= 2.6)

GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke
dep: libhts3 (>= 1.10)

C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

MariaDB - klientbibliotek
dep: libmysql 3v5 (>= 3.2.5-1~)

MySQL C -biblioteksbindinger - kørselstid
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Delt bibliotek til SQLite 3
dep: libstdc 6 (>= 6) [armel, armhf]

GNU Standard C bibliotek v3

dep: libstdc 6 (>= 9) [not armel, armhf]

rec: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

sug: cdbfasta

Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer
sug: diamond-aligner

Accelereret BLAST-kompatibel lokal sekvenssammenligner
sug: libdbd-mysql-perl

Perl5-databasegrænseflade til MariaDB/MySQL-databasen
sug: libfile-which-perl

Perlmodul for søgning i stier efter kørbare programmer
sug: libparallel-forkmanager-perl

Simpel parallel behandlingshåndtering til fork for Perl
sug: libyaml-perl

YAML Ain't Markup Language
sug: python3-biopython

Python 3-bibliotek for bioinformatik

Download augustus

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,906.1 kB	10,146.0 kB	[list of files]
arm64	1,639.6 kB	9,303.0 kB	[list of files]
armel	1,597.0 kB	9,404.0 kB	[list of files]
armhf	1,547.8 kB	6,753.0 kB	[list of files]
i386	1,957.2 kB	10,832.0 kB	[list of files]
mips64el	1,716.9 kB	12,806.0 kB	[list of files]
mipsel	1,724.4 kB	11,998.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,834.8 kB	12,474.0 kB	[list of files]
s390x	1,667.3 kB	10,535.0 kB	[list of files]