Package: prodigal (1:2.6.3-6)

Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram

Prodigal (Prokaryotisk Dynamic Programming Genefinding Algoritme) er et mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram udviklet på Oak Ridge National Laboratory og University of Tennessee. Nøglefunktioner i Prodigal inkluderer:

Hastighed: Prodigal er et ekstremt hurtigt gengenkendelsesværktøj (skrevet i very vanilla C). Det kan analysere et helt mikrobielt genom på 30 sekunder eller mindre.

Nøjagtighed: Prodigal er en meget nøjagtig genfinder. Prodigal lokaliserer 3'-enden af hvert gen i eksperimentelt verificeret korrekte Ecogene-datasæt (undtagen dem, der indeholder introns). Prodigal besidder et meget sofistikeret ribosombindingssted-bedømmelsessystem, der gør det muligt at lokalisere translationsinitieringsstedet med stor nøjagtighed (96% af 5'-ender i Ecogene-datasættet er placeret korrekt).

Specificitet: Prodigal falske positive rate kan måle sig med andre genidentifikationsprogrammer, og falder normalt under 5 %.

GC-indhold Ligeglade: Prodigal klarer sig godt selv i høje GC-genomer, med over 90 % perfekt match (5' 3') til Pseudomonas aeruginosa kurateret annotationer.

Metagenomisk version: Prodigal kan køre i metagenomisk tilstand og analysere sekvenser, selv når organismen er ukendt.

Brugervenlighed: Prodigal kan køres i et trin på en enkelt genomisk sekvens eller på et udkastgenom der indeholder mange sekvenser. Det behøver ikke at være leveret med kendskab til organismen, da programmet lærer alle de egenskaber det skal på egen hånd.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):