Het toernooi onderging een drastische wijziging dit jaar: het knock-outsysteem werd voor het grootste deel vervangen door een groepsfase. Omdat er zeventien deelnemers waren, konden niet alle deelnemers eerlijk verdeeld worden over de groepen. Daarom werd er een voorronde georganiseerd met drie teams, waaruit een ploeg af zou vallen. Vervolgens werden de overgebleven zestien teams verdeeld over vier groepen van vier en de winnaars van die groepen zouden zich plaatsen voor de halve finales.
In de voorronde speelde elk team twee keer (thuis en uit) tegen beide tegenstanders. De twee teams met de meeste punten plaatsten zich voor de groepsfase, waarin eveneens elk team twee keer (thuis en uit) speelde tegen de tegenstanders. Het team met de meeste punten plaatste zich vervolgens voor de halve finales. De knock-outwedstrijden (ook de finale) bestonden uit een thuis- en een uitduel. Het team dat de meeste doelpunten maakte plaatste zich voor de volgende ronde.
Als de Supercopa Sudamericana in 1998 nog had bestaan, dan hadden de drie slechtste teams uit de groepsfase daar niet aan mee mogen doen.[3]
De voorronde werd gespeeld tussen 15 juni en 13 juli. Nieuwkomer CR Vasco da Gama speelde met beide Uruguayaanse deelnemers om twee plekken in de groepsfase.
↑Wedstrijd gestaakt na 70 minuten omdat een assistent-scheidsrechter werd geraakt door een steen (gegooid door hooligans van Vasco da Gama). De CONMEBOL besliste dat de tussenstand op dat moment ook de einduitslag zou worden.