Zoller speelde in de jeugd bij TSV Fischbach, TSG Ailingen, Germania Singen, Pforzheim, VfB Friedrichshafen, VfB Stuttgart en SSV Ulm 1846. In 2008 trok hij naar Karlsruher SC. Na twee seizoenen in het tweede elftal debuteerde hij in november 2010 in de hoofdmacht tegen VfL Osnabrück in de 2. Bundesliga. In 2012 trok hij transfervrij naar VfL Osnabrück. Daar scoorde hij 15 doelpunten uit 36 wedstrijden, wat hem een transfer opleverde naar 1. FC Kaiserslautern. In juni 2013 zette hij zijn handtekening onder een vierjarig contract bij Kaiserslautern, maar een jaar later vertrok hij weer, ditmaal om een vierjarig contract bij 1. FC Köln te ondertekenen. Tijdens de winterstop van het seizoen 2018/19 stapte Zoller over naar VfL Bochum, waar wie hij een contract tekende tot de zomer van 2022. In september 2020 werd zijn lob tegen Karlsruher SC uitgeroepen tot doelpunt van de maand. Op 23 mei 2021 werd hij met Bochum kampioen van de Tweede Bundesliga waar hij als clubtopscorer met 15 doelpunten een essentïele bijdrage aan had.