Vooraf was er geen uitgesproken favoriet, na het stoppen van Lance Armstrong en de afwezigheid van favorieten als Ivan Basso en Jan Ullrich. De ronde leek uiteindelijk gewonnen te worden door Floyd Landis, die na een enorme inzinking op spectaculaire wijze terugkwam en in de tijdrit het geel overnam van Óscar Pereiro, die op zijn beurt zijn goede klassering mede te danken had aan de bijna dertig minuten voorsprong die het peloton hem en zijn medevluchters hadden gegund in de dertiende etappe.
Eén dag voor het begin van de Ronde van Frankrijk 2006 werd er in de Spaanse media een lijst openbaar gemaakt met 200 sporters die doping zouden hebben gebruikt. Op de lijst staan ook de namen van 58 wielrenners waaronder de DuitserJan Ullrich, de ItaliaanIvan Basso en de Spanjaard Francisco Mancebo, alle drie favoriet voor de eindzege in deze Tour. Kort nadat het nieuws bekend was geraakt, werden ze geschorst door hun respectievelijke ploeg en geweerd van deelname aan de Tour. Later op de dag werd bekend dat ook de andere renners die op de lijst stonden niet mochten starten.
De ProTour-ploegen beslisten ook onderling om de geschorste renners niet te vervangen door andere renners. Mede daardoor en doordat vijf van de negen renners van Astana - Würth Team op de lijst stonden, raakte Astana niet meer aan het vereiste minimum van zes renners. Hierdoor werd ook Astana de start ontzegd, waardoor de Tour nog een van haar favorieten, namelijk Aleksandr Vinokoerov, verloor. Ook Comunidad Valenciana, een van de twee continentale ploegen die een wildcard hadden gekregen voor de Tour, werd geweerd toen bleek dat negen van de twintig renners van de ploeg verdacht werden.
Met het wegvallen van Ullrich, Basso, Mancebo en Vinokourouv en het feit Lance Armstrong zijn afscheid van de wielersport in 2005 al aankondigde, blijft de volledige top vijf van de Ronde van Frankrijk 2005 dus afwezig.
↑Floyd Landis won de ronde, maar omdat hij na de 17e etappe positief testte op het gebruik van testosteron, en ook de contra-expertise positief was, verliest hij mogelijk zijn eindzege aan Óscar Pereiro. Op 11 mei 2007 maakte de tourdirectie bekend dat Landis geschrapt werd als winnaar.
↑Type zoals beoordeeld door de A.S.O. waarbij categorie 1 de vlakke etappes zijn, categorie 2 de heuveletappes en categorie 3 de bergetappes. Dit is belangrijk voor de verdeling van de punten voor de groene trui en voor het bepalen van de tijdslimiet. Zie hiervoor het artikel: Ronde van Frankrijk.
↑Floyd Landis kwam als eerste over de finishlijn in de etappe naar Morzine. Na afloop van de Tour bleek hij echter positief te zijn geweest bij een dopingtest.