Nikolov speelde in de jeugd bij SG Sandbach, Darmstadt 98 en Eintracht Frankfurt. Hij debuteerde op 9 september 1995 in de Bundesliga tegen FC Kaiserslautern. Sindsdien speelde hij in totaal 379 competitiewedstrijden voor Eintracht Frankfurt. Gedurende het seizoen 2012/13 verloor hij zijn basisplaats aan de zestien jaar jongere Kevin Trapp, die weggehaald werd bij het gedegradeerde FC Kaiserslautern. Hij heeft nog een doorlopend contract tot medio 2014.