Namens Duitsland speelde Scholl van 1995 tot 2002 zesendertig interlands, waarin hij achtmaal scoorde. Hij zat bij de selectie van Die Mannschaft tijdens de WK's van 1998 en 2002 en was ook aanwezig bij de EK's van 1996, dat gewonnen werd, en 2000.
Op 15 augustus 2007 beëindigde Scholl zijn voetballoopbaan tijdens een galawedstrijd tegen FC Barcelona voor de Franz Beckenbauer Cup. Na drieënvijftig minuten werd hij als nummer 7 gewisseld voor de nieuwe nummer 7 van Bayern, Franck Ribéry. Na een lange vakantie ging hij in 2008 als jeugdtrainer bij Bayern München aan de slag.