Weissenberger debuteerde op 18 augustus1999 tegen Zweden in het Oostenrijks voetbalelftal. Hij viel in dat duel na de eerste helft in voor Mario Haas. Hij kwam tot een totaal van 29 interlands en één doelpunt. Zijn enige treffer maakte hij op woensdag 27 maart2002 in een vriendschappelijke interland tegen Slowakije, die Oostenrijk met 2-0 won. Het andere doelpunt in die wedstrijd kwam op naam van Ronald Brunmayr.