Zuffi speelde in de jeugd bij FC Oberwil en sloot zich later aan bij de opleiding van FC Winterthur. Tijdens het seizoen 2006/07 sloot hij zich aan bij de eerste selectie, waarvoor hij op 19 mei 2007 thuis debuteerde tegen FC Wohlen (1–0).[1] Zijn eerste basisplaats was een week later, op 26 mei, toen met 7–1 verloren werd van SC Kriens.[2] In 2012 werd de middenvelder op huurbasis naar FC Thun gestuurd.[3] Na een seizoen waarin de ploeg zich plaatste voor de UEFA Europa League 2013/14, besloot de clubleiding Zuffi definitief aan te trekken. Hij speelde in dat seizoen alle zes poulewedstrijden in de Europa League. Voor aanvang van het seizoen 2014/15 werd bekend dat FC Basel Zuffi overgenomen had voor circa zeshonderdduizend euro.[4] Hij tekende voor vier seizoenen en zijn debuut maakte hij op 19 juli, toen met 1–2 gewonnen werd bij FC Aarau.[5] Op 16 september debuteerde de middenvelder in de UEFA Champions League; Real Madrid was met 5–1 te sterk, al gaf Zuffi nog de assist op het enige doelpunt van Basel, van Derlis González.[6] De middenvelder tekende eind 2017 een vernieuwde verbintenis bij Basel, die zou lopen tot en met het seizoen 2020/21.[7] Na afloop van dit contract vertrok hij naar FC Sion, waar hij voor drie jaar tekende.[8] Medio 2023 keerde Zuffi terug naar FC Winterthur, dat hem voor twee seizoenen vastlegde.[9]