In 2001 dwong hij mee de promotie naar de Bundesliga af. In het seizoen 2002-2003 werd hij enkele maanden van de velden weggehouden door een blessure aan de kruisbanden. Het daaropvolgende seizoen vond hij snel zijn oude vorm terug en speelde hij zijn beste seizoen tot op heden (met o.a. twaalf doelpunten). Hij dwong op die manier opnieuw de promotie naar de Bundesliga mee af.
Als gevolg van zijn goede prestaties werd Krzynówek in 2003 en 2004 verkozen tot Pools voetballer van het jaar. Uiteraard bleven zijn prestaties niet onopgemerkt en in de zomer van 2004 viel er dan ook een lucratieve transfer naar Bayer 04 Leverkusen uit de lucht. Na twee seizoenen houdt hij het daar voor bekeken. Vanaf het seizoen 2006-2007 treedt deze linksvoetige middenvelder aan voor VfL Wolfsburg.
Hij speelde zijn eerste interland op 10 november1998 tegen Slowakije. Hij maakte in 2002 ook deel uit van de Poolse selectie voor het WK waar hij drie keer in de basis mocht aantreden. Krzynówek speelde een belangrijke rol in de kwalificatie van Polen voor het WK van 2006. Hij maakte deel uit van de Poolse selectie voor het WK voetbal 2006, waar hij één keer aan spelen toe kwam.