Muniain maakte zijn officiële debuut voor het eerste elftal van Athletic op 30 juli 2009, in een Europa League-kwalificatiewedstrijd tegen BSC Young Boys (0-1). Hij viel in de 59e minuut in als wisselspeler voor Gaizka Toquero. Muniain was destijds 16 jaar, 7 maanden en 11 dagen oud en hij werd zo de jongste speler ooit die een officiële wedstrijd voor Athletic Bilbao speelde. Uiteindelijk werd hij een vaste waarde in het Baskische team. Muniain verlengde hier in juni 2015 zijn contract tot medio 2019.[1]