Ethidiumbromide

Ethidiumbromide
Structuurformule en molecuulmodel
Structuurformule van ethidiumbromide
Absorptiespectrum van ethidiumbromide
Algemeen
Molecuulformule	C21H20BrN3
IUPAC-naam	3,8-diamino-5-ethyl-6-fenylfenanthridiniumbromide
Molmassa	394,3076 g/mol
SMILES	CC[N ]1=C2C=C(C=CC2=C3C=CC(=CC3=C1C4=CC=CC=C4)N)N.[Br-]
InChI	1S/C21H19N3.BrH/c1-2-24-20-13-16(23)9-11-18(20)17-10-8-15(22)12-19(17)21(24)14-6-4-3-5-7-14;/h3-13,23H,2,22H2,1H3;1H
CAS-nummer	1239-45-8
EG-nummer	214-984-6
PubChem	14710
Wikidata	Q408634
Waarschuwingen en veiligheidsmaatregelen
Gevaar
H-zinnen	H302 - H330 - H341
EUH-zinnen	geen
P-zinnen	P260 - P281 - P284 - P310
Carcinogeen	ja
EG-Index-nummer	612-278-00-6
VN-nummer	2810
LD50 (ratten)	(peroraal) 1503 mg/kg
LD50 (muizen)	(subcutaan) 110 mg/kg
Fysische eigenschappen
Aggregatietoestand	vast
Kleur	rood
Smeltpunt	260 - 262 °C
Oplosbaarheid in water	40 g/L
Goed oplosbaar in	water
Tenzij anders vermeld zijn standaardomstandigheden gebruikt (298,15 K of 25 °C, 1 bar).
Portaal    Scheikunde

Ethidiumbromide is een organische verbinding met als brutoformule C₂₁H₂₀BrN₃. De stof komt voor als een rode vaste stof, die goed oplosbaar is in water. Het is een fenantridine-kleurstof, die gebruikt wordt om nucleïnezuren, DNA, RNA aan te tonen. Ethidiumbromide is het ethylderivaat van het homologe dimidiumbromide.

Eigenschappen en toepassingen

Ethidiumbromide wordt vaak gebruikt bij de gel-elektroforese, in combinatie met een UV-lamp, omdat het dan zichtbaar wordt. De verbinding intercaleert met het DNA of RNA: door diens vlakke structuur is het mogelijk om tussen de nucleobasen te schuiven en op deze manier het DNA of RNA te markeren. Onder UV-licht kan dit zichtbaar gemaakt worden, omdat ethidiumbromide twee sterke absorpties vertoont in het UV-gebied, namelijk bij een golflengte van 210 en 285 nm, met een extinctiecoëfficiënt van respectievelijk 40.000 en 50.000 M⁻¹cm⁻¹. Door de intercalatie neemt de intensiteit van de fluorescentie-emissie met een factor 50 tot 100 toe. Op deze wijze lichten bij gel-elektroforese met agarosegel de moleculaire gedeelten met nucleïnezuren onder UV-licht oranje-rood op, terwijl de gedeelten zonder nucleïnezuren niet oplichten. De gebruikte concentratie ethidiumbromide in agarosegel varieert tussen 0,1 en 0,5 µg/mL.

Ethidiumbromide inhibiteert reeds bij lage concentraties (0,1 tot 2 µg/mL) de replicatie van mitochondriaal DNA in eukaryoten.

Toxicologie en veiligheid

Ethidiumbromide is een zeer toxische en mutagene verbinding. De stof kan worden opgenomen door inademing van stofdeeltjes, na inslikken of door absorptie door de huid. Ethidiumbromide werkt irriterend op ogen, mond en bovenste luchtwegen en kan schade toebrengen aan het erfelijke materiaal.

Als alternatief kan SYBR Green I als kleurstof gebruikt worden.

Externe link

• (en) MSDS van ethidiumbromide

Bronnen, noten en/of referenties