Als coach had hij ploegen zoals het damesteam van Sittardia DVO[6] en het herenteam van Swift Roermond[7] onder zijn leiding, maar hij is meest bekend als bondscoach van het Nederlands vrouwenhandbalteam. Hij had Oranje rond de eeuwwisseling onder zijn hoede op vier EK’s, vier WK’s en de Olympische Spelen. In 1996 stond Bouwer aan de basis van het zogeheten Oranjeplan. De Nederlandse internationaals bij het vrouwenteam werden onder het motto ‘Meiden met een Missie’ uit de nationale competitie gehaald, om 25 uur per week samen te trainen. De handbalcoach had zich laten inspireren door de volleyballers, die volgens het zogeheten Bankrasmodel, in 1985 onder aanvoering van Arie Selinger de competitie hadden verlaten en elf jaar later de gouden medaille wonnen bij de Olympische Spelen 1996 in Atlanta.
In 2003 vertrok Brouwer bij Oranje. Later werd hij bondscoach van het nationale team van Japan[8][9] en de coach van de vrouwen van VOC[10]. Sinds 2017 is Bouwer trainer van de herenploeg van Aalsmeer.[11]