Ayden Kuijpers speelde in de jeugd van VV Berkdijk, Willem II/RKC Waalwijk en Helmond Sport. In het seizoen 2010/11 zat hij twee keer op de bank voor Helmond Sport, maar kwam niet in actie. Hij debuteerde voor Helmond Sport in het seizoen 2011/12, in de met 3-2 gewonnen thuiswedstrijd tegen Sparta Rotterdam op 12 augustus 2011. Hij kwam in de 90e minuut in het veld voor Erik Quekel. In het seizoen 2011/12 kwam hij tot 5 wedstrijden voor Helmond Sport. Door blessures kwam hij hierna niet meer in actie, en Kuijpers vertrok in 2013 naar Achilles Veen. In 2020 beëindigde hij zijn voetbalcarrière vanwege reuma.