Amorphea

Amorphea; Julat zaman: Early Ectasian - Present, 1400–0 Ma Pha. Proterozoik Arkean Had. </noinclude>
Pengelasan saintifik
Domain:	Eukaryota
Klad:	Amorphea; Adl et al., 2012
Subgroups
	Obazoa Breviatea; Apusomonadida; Opisthokonts Holomycota; Holozoa; ; ; Amoebozoa;
Sinonim
	Unikonta nom. nud.; Opimoda Derelle et al., 2015;

Amorphea^[1] adalah superkumpulan taksonomi yang merangkumi Amoebozoa dan Obazoa yang asas. Obazoa pula mengandungi Opisthokonta, yang merangkumi Fungi, Haiwan dan Choanomonada, atau Choanoflagellates. Persaudaraan taksonomi anggota-anggota klad ini pertama kali diterangkan dan dicadangkan oleh Thomas Cavalier-Smith pada tahun 2002.^[2]^[4]

International Society of Protistologists, badan yang diiktiraf dalam taksonomi protozoa, mencadangkan pada tahun 2012 agar istilah Unikont diubah kepada Amorphea kerana nama "Unikont" didasarkan pada sebuah synapomorphy yang dihipotesiskan yang kemudian ditolak oleh pengarang ISOP dan saintis lain.^[1]^[5]

Ia merangkumi Amoebozoa, opisthokonts,^[6]^[7] dan Apusomonada.^[8]

Revisi taksonomi dalam kumpulan ini

Thomas Cavalier-Smith mencadangkan dua filum baru: Sulcozoa, yang terdiri daripada subfilum Apusozoa (Apusomonadida dan Breviatea), dan Varisulca, yang merangkumi subfilum Diphyllatea, Discocelida, Mantamonadidae, Planomonadida dan Rigifilida.^[9]

Kerja lanjut oleh Cavalier-Smith menunjukkan bahawa Sulcozoa adalah parafiletik.^[10] Apusozoa juga kelihatan adalah parafiletik. Varisulca telah dipersempitkan untuk merangkumi planomonad, Mantamonas dan Collodictyon. Takson baru telah dicipta - Glissodiscea - untuk planomonad dan Mantamonas. Lagi sekali, kesahihan taksonomi yang disemak semula ini menunggu pengesahan.

Amoebozoa kelihatan monofiletik dengan dua cawangan utama: Conosa dan Lobosa. Conosa dibahagikan kepada subfilum aerobik Semiconosia (Mycetozoa dan Variosea) dan Archamoebae yang anaerobik sekunder. Lobosa terdiri daripada amoeba lobus tidak bendera sepenuhnya dan telah dibahagikan kepada dua kelas: Discosea, yang mempunyai sel terapung, dan Tubulinea, yang mempunyai pseudopodia berbentuk tiub secara dominan.^[11]

Klad

Kumpulan ini merangkumi sel eukariotik yang, pada kebanyakan, mempunyai sebuah flagel tunggal yang timbul, atau adalah amoeba tanpa flagela. Unikonts merangkumi opisthokonts (haiwan, cendawan, dan bentuk-bentuk yang berkaitan) dan Amoebozoa. Sebaliknya, kumpulan eukariotik yang lain yang lebih dikenali, yang lebih kerap mempunyai dua flagel yang timbul (walaupun terdapat banyak pengecualian), sering dirujuk sebagai bikonts. Bikonts merangkumi Archaeplastida (tumbuhan dan saudara-mara) dan supergroup SAR, Cryptista, Haptista, Telonemia dan picozoa.

Eukaryotes

	Holomycota (inc. fungi)

	Holozoa (inc. animals)

1300 mya

1500 mya

Diphoda

	? Metamonada

	Discoba

Diaphoretickes

Cryptista

Archaeplastida

	Rhodophyta (red algae)

	Picozoa

	Glaucophyta
1100 mya
	Viridiplantae (plants)
1000 mya

1600 mya

SAR

550 mya

	Alveolata

	Casino Plus

Bikonts

2200 mya

Satu pandangan tentang kerajaan-kerajaan besar dan kumpulan asal mereka.^[12]^[13]^[14]^[15] Metamonada sukar diletakkan, mungkin merupakan saudara kepada Discoba, mungkin juga kepada Malawimonada.^[15]

Ciri-ciri

Unikonts mempunyai fuji gen tiga kali lipat yang tidak terdapat dalam bikonts. Tiga gen yang digabungkan bersama dalam unikonts, tetapi tidak dalam bakteria atau bikonts, mewakili enzim untuk sintesis pirimidin nukleotida: karbamoyl phosphate synthase, dihydroorotase, aspartate carbamoyltransferase. Ini mesti melibatkan fusi berganda, sepasang peristiwa yang jarang, menyokong keturunan bersama Opisthokonta dan Amoebozoa.

Cavalier-Smith^[2] secara asal mengusulkan bahawa unikonts secara leluhur mempunyai satu flagel dan satu badan asas tunggal. Ini tidak mungkin, bagaimanapun, kerana opisthokonts bercalar, serta beberapa Amoebozoa yang bercalar, termasuk Breviata, sebenarnya mempunyai dua badan asas, seperti dalam 'bikonts' biasa (walaupun hanya satu yang bercalar dalam kebanyakan unikonts). Susunan berpasangan ini juga boleh dilihat dalam organisasi sentriol dalam sel haiwan biasa. Walaupun namanya, nenek moyang bersama semua 'unikonts' mungkin adalah sel dengan dua badan asas.

Rujukan

^ ^a ^b ^c Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, Brown MW, Burki F, Dunthorn M, Hampl V, Heiss A, Hoppenrath M, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, McManus H, Mitchell EA, Mozley-Stanridge SE, Parfrey LW, Pawlowski J, Rueckert S, Shadwick RS, Schoch CL, Smirnov A, Spiegel FW (September 2012). "The revised classification of eukaryotes". J Eukaryot Microbiol. 59 (5): 429–93. doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872. PMID 23020233.
^ ^a ^b ^c Cavalier-Smith T (March 2002). "The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 2): 297–354. doi:10.1099/00207713-52-2-297. PMID 11931142.
^ Derelle, Romain; Torruella, Guifré; Klimeš, Vladimír; Brinkmann, Henner; Kim, Eunsoo; Vlček, Čestmír; Lang, B. Franz; Eliáš, Marek (17 February 2015). "Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root". Proceedings of the National Academy of Sciences (dalam bahasa Inggeris). 112 (7): E693–E699. Bibcode:2015PNAS..112E.693D. doi:10.1073/pnas.1420657112. PMC 4343179. PMID 25646484.
^ Cavalier-Smith, Thomas (2003). "Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa". European Journal of Protistology. 39 (4): 338–348. doi:10.1078/0932-4739-00002.
^ Roger AJ, Simpson AG (2009). "Evolution: revisiting the root of the eukaryote tree". Current Biology. 19 (4): R165–R167. doi:10.1016/j.cub.2008.12.032. PMID 19243692. S2CID 13172971.
^ A Minge M, Silberman JD, Orr RJ, dll. (November 2008). "Evolutionary position of breviate amoebae and the primary eukaryote divergence". Proc. Biol. Sci. 276 (1657): 597–604. doi:10.1098/rspb.2008.1358. PMC 2660946. PMID 19004754.
^ Burki F, Pawlowski J (October 2006). "Monophyly of Rhizaria and multigene phylogeny of unicellular bikonts". Mol. Biol. Evol. 23 (10): 1922–30. doi:10.1093/molbev/msl055. PMID 16829542.
^ Burki, Fabien; Roger, Andrew J.; Brown, Matthew W.; Simpson, Alastair G. B. (2020-01-01). "The New Tree of Eukaryotes". Trends in Ecology & Evolution. 35 (1): 43–55. doi:10.1016/j.tree.2019.08.008. ISSN 0169-5347. PMID 31606140.
^ Cavalier-Smith T (Mei 2013). "Pewujudan awal mod penyediaan eukariot, kepelbagaian struktur sel, dan pengkelasan filum protozoa Loukozoa, Sulcozoa, dan Choanozoa". Eur J Protistol. 49 (2): 115–78. doi:10.1016/j.ejop.2012.06.001. PMID 23085100.
^ Cavalier-Smith T, Chao EE, Snell EA, Berney C, Fiore-Donno AM, Lewis R (Disember 2014). "Filogeni eukariota multigen menunjukkan nenek moyang protozoa yang kemungkinan bagi opisthokonta (haiwan, fungi, choanozoans) dan Amoebozoa". Mol Phylogenet Evol. 81: 71–85. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275.
^ Cavalier-Smith T, Fiore-Donno AM, Chao E, Kudryavtsev A, Berney C, Snell EA, Lewis R (Februari 2015). "Filogeni multigen menyelesaikan percabangan yang mendalam Amoebozoa". Mol Phylogenet Evol. 83: 293–304. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787.
^ Brown MW, Heiss AA, Kamikawa R, Inagaki Y, Yabuki A, Tice AK, Shiratori T, Ishida K, Hashimoto T, Simpson A, Roger A (2018-01-19). "Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group". Genome Biology and Evolution. 10 (2): 427–433. doi:10.1093/gbe/evy014. PMC 5793813. PMID 29360967.
^ Schön ME, Zlatogursky VV, Singh RP, dll. (2021). "Picozoa are archaeplastids without plastid". Nature Communications. 12 (1): 6651. bioRxiv 10.1101/2021.04.14.439778. doi:10.1038/s41467-021-26918-0. PMC 8599508 Check |pmc= value (bantuan). PMID 34789758 Check |pmid= value (bantuan). S2CID 233328713.
^ Tikhonenkov DV, Mikhailov KV, Gawryluk RM, dll. (December 2022). "Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes". Nature. 612 (7941): 714–719. doi:10.1038/s41586-022-05511-5. PMID 36477531 Check |pmid= value (bantuan). S2CID 254436650 Check |s2cid= value (bantuan).
^ ^a ^b Burki F, Roger AJ, Brown MW, Simpson AG (2020). "The New Tree of Eukaryotes". Trends in Ecology & Evolution. Elsevier BV. 35 (1): 43–55. doi:10.1016/j.tree.2019.08.008. ISSN 0169-5347. PMID 31606140. S2CID 204545629.

[Adl2012-1] Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, Brown MW, Burki F, Dunthorn M, Hampl V, Heiss A, Hoppenrath M, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, McManus H, Mitchell EA, Mozley-Stanridge SE, Parfrey LW, Pawlowski J, Rueckert S, Shadwick RS, Schoch CL, Smirnov A, Spiegel FW (September 2012). "The revised classification of eukaryotes". J Eukaryot Microbiol. 59 (5): 429–93. doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872. PMID 23020233.

[pmid11931142-2] Cavalier-Smith T (March 2002). "The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 2): 297–354. doi:10.1099/00207713-52-2-297. PMID 11931142.

[3] Derelle, Romain; Torruella, Guifré; Klimeš, Vladimír; Brinkmann, Henner; Kim, Eunsoo; Vlček, Čestmír; Lang, B. Franz; Eliáš, Marek (17 February 2015). "Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root". Proceedings of the National Academy of Sciences (dalam bahasa Inggeris). 112 (7): E693–E699. Bibcode:2015PNAS..112E.693D. doi:10.1073/pnas.1420657112. PMC 4343179. PMID 25646484.

[4] Cavalier-Smith, Thomas (2003). "Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa". European Journal of Protistology. 39 (4): 338–348. doi:10.1078/0932-4739-00002.

[Roger2009-5] Roger AJ, Simpson AG (2009). "Evolution: revisiting the root of the eukaryote tree". Current Biology. 19 (4): R165–R167. doi:10.1016/j.cub.2008.12.032. PMID 19243692. S2CID 13172971.

[pmid19004754-6] A Minge M, Silberman JD, Orr RJ, dll. (November 2008). "Evolutionary position of breviate amoebae and the primary eukaryote divergence". Proc. Biol. Sci. 276 (1657): 597–604. doi:10.1098/rspb.2008.1358. PMC 2660946. PMID 19004754.

[pmid16829542-7] Burki F, Pawlowski J (October 2006). "Monophyly of Rhizaria and multigene phylogeny of unicellular bikonts". Mol. Biol. Evol. 23 (10): 1922–30. doi:10.1093/molbev/msl055. PMID 16829542.

[8] Burki, Fabien; Roger, Andrew J.; Brown, Matthew W.; Simpson, Alastair G. B. (2020-01-01). "The New Tree of Eukaryotes". Trends in Ecology & Evolution. 35 (1): 43–55. doi:10.1016/j.tree.2019.08.008. ISSN 0169-5347. PMID 31606140.

[Cavalier-Smith2013-9] Cavalier-Smith T (Mei 2013). "Pewujudan awal mod penyediaan eukariot, kepelbagaian struktur sel, dan pengkelasan filum protozoa Loukozoa, Sulcozoa, dan Choanozoa". Eur J Protistol. 49 (2): 115–78. doi:10.1016/j.ejop.2012.06.001. PMID 23085100.

[Cavalier-Smith2014-10] Cavalier-Smith T, Chao EE, Snell EA, Berney C, Fiore-Donno AM, Lewis R (Disember 2014). "Filogeni eukariota multigen menunjukkan nenek moyang protozoa yang kemungkinan bagi opisthokonta (haiwan, fungi, choanozoans) dan Amoebozoa". Mol Phylogenet Evol. 81: 71–85. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275.

[Cavalier-Smith2015-11] Cavalier-Smith T, Fiore-Donno AM, Chao E, Kudryavtsev A, Berney C, Snell EA, Lewis R (Februari 2015). "Filogeni multigen menyelesaikan percabangan yang mendalam Amoebozoa". Mol Phylogenet Evol. 83: 293–304. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787.

[Brown_2018-12] Brown MW, Heiss AA, Kamikawa R, Inagaki Y, Yabuki A, Tice AK, Shiratori T, Ishida K, Hashimoto T, Simpson A, Roger A (2018-01-19). "Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group". Genome Biology and Evolution. 10 (2): 427–433. doi:10.1093/gbe/evy014. PMC 5793813. PMID 29360967.

[Picozoa_2021-13] Schön ME, Zlatogursky VV, Singh RP, dll. (2021). "Picozoa are archaeplastids without plastid". Nature Communications. 12 (1): 6651. bioRxiv 10.1101/2021.04.14.439778. doi:10.1038/s41467-021-26918-0. PMC 8599508 Check |pmc= value (bantuan). PMID 34789758 Check |pmid= value (bantuan). S2CID 233328713.

[Provora_2022-14] Tikhonenkov DV, Mikhailov KV, Gawryluk RM, dll. (December 2022). "Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes". Nature. 612 (7941): 714–719. doi:10.1038/s41586-022-05511-5. PMID 36477531 Check |pmid= value (bantuan). S2CID 254436650 Check |s2cid= value (bantuan).

[Burki_Roger_Brown_Simpson_2020_pp._43–55-15] Burki F, Roger AJ, Brown MW, Simpson AG (2020). "The New Tree of Eukaryotes". Trends in Ecology & Evolution. Elsevier BV. 35 (1): 43–55. doi:10.1016/j.tree.2019.08.008. ISSN 0169-5347. PMID 31606140. S2CID 204545629.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]