Baznīca tikusi celta ap 1815. gadu vecajos Visu svēto pareizticīgo kapos Maskavas forštatē kā Visu svēto pareizticīgo baznīca.[1] 1882. gadā tā tikusi demontēta un pārvietota uz jaunajiem Svētā Ivana kapiem, te tā iesvētīta kā Jāņa Priekšteča pareizticīgo baznīca.[1] 1934. gadā iesvētīta ar pašreizējo nosaukumu, jo blakus atradusies jaunā Svētā Jāņa Priekšteča baznīca.[1] Pēc 30 gadiem baznīca tika slēgta, tomēr jau 1969. gadā to nodeva Rīgas Svētā Antona Romas katoļu draudzei.[1] Pareizticīgajiem atkal nodota 2005. gadā.[1]
Vairākas reizes baznīcai ir mainīta konfesionālā piederība, nosaukums un atrašanās vieta.[1] Šī ir viena no senākajām koka baznīcām Rīgā.[1]