Novorosijska atrodas seismiski bīstamā zonā. Laikā no 1799. līdz 1981. gadam šeit notikušas 17 jūtamas zemestrīces. 1879. gadā bija 7 balles stipra zemestrīce. 1966. gada 12. jūlijā bija stipri pazemes grūdieni, kuri ilga 3—4 sekundes. To spēks bija 6 balles. Postījumu nebija, tomēr dažās mājās uz sienām radās plaisas. 1978. gada septembrī bija zemestrīce ar 7 balles lielu spēku. Lielu postījumu nebija. Pēdējā nopietnā zemestrīce Novorosijskā bija 2002. gada beigās. Tā bija 5,5 balles stipra un sākās dziļā naktī. Daudzu cilvēki pameta savas mājas un atlikušo nakti pavadīja uz pilsētas ielām, baidoties no vēl stiprākiem pazemes grūdieniem. 2007. gada 6. oktobrī bija pazemes grūdieni ar 3,8 ballu spēku.
Novorosijskas klimats ir tuvs Vidusjūras klimatam. Ziemā šeit galvenokārt ir mēreno platumu vēji, bet vasarā — tropu joslas vēji. Gaisa temperatūra janvārī ir 2 °C, jūlijā 23 °C. Gada vidējā temperatūra ir 12 °C, bet nokrišņu daudzums — 788 mm. Visvairāk nokrišņu izkrīt decembrī un janvārī. Vasaras mēnešos izkrīt vidēji ap 50 mm nokrišņu katrā. Gaisa temperatūras absolūtais minimums ziemā ir -24,1 °C, vasarā 9,0 °C, bet maksimums ziemā ir 22,2 °C, vasarā 41,0 °C. Katru gadu martā un novembrī šeit ir stiprs vējš, kuru sauc par boru jeb nordostu. Tas rodas, aukstajam gaisam no Ziemeļkaukāza plato nokļūstot virs Melnās jūras piekrastes. Nordosta laikā gaisa temperatūra ļoti strauji pazeminās (pāris stundu laikā par 10—15 grādiem). Divu, triju dienu laikā vējš tad pūš pat ar ātrumu 40—60 m/s. Stiprākās boras bija:
1848. gadā stipra vēja un sala dēļ nogrima 3 kuģi ar 57 jūrniekiem;
1993. gadā bija vējš ar brāzmām līdz 52 m/s;
1997. gadā bija bora, kuras vēja ātrums sasniedza 52 m/s. Gaisa temperatūra toreiz nolaidās līdz -16 °C;
2002. gadā stipra vēja un apledojuma dēļ nogrima divi kuģi. Skolas slēdza. Gaisa temperatūra bija -15 °C.