Pilsēta sākusi veidoties ap 1200. gadu pie pārceltuves pār upi. Pilsētas tiesības no 1235. gada. 19. gadsimtā attīstījās kā tekstilrūpniecības centrs. 1846. gadā pilsētu sasniedza dzelzceļš. Pēc Otrā pasaules kara līdz 1990. gadam ietilpa VDR. No 1961. līdz 1990. gadam pilsētas nosaukums bija Vilhelma Pīka pilsēta Gūbene (Wilhelm-Pieck-Stadt Guben). Pēc Vācijas apvienošanās pilsēta piedzīvoja ekonomisku lejupslīdi un bezdarbu.
Gūbene ir riteņbraucēja Danilo Hondo (Danilo Hondo, 1974), astronoma Gotfrīda Kirha (Gottfried Kirch, 1639—1710), komponista Johana Krīgera (Johann Crüger, 1598—1662), admirāļa Ludviga fon Reitera (Ludwig von Reuter, 1869—1943) un dziedātājas Koronas Šrēteres (Corona Schröter, 1751—1802) dzimtā pilsēta. Pilsētas ģimnāzijā par skolotāju strādājis astronoms Johans Gotfrīds Galle (Johann Gottfried Galle, 1812—1910).