Vēsturiski mūsdienu Elejas pagasta teritorijā atradās Audruves muiža (Audrau), Briežu muiža (Bredenfeld), Elejas muiža (Groß-Elley, Lieleleja), Mazelejas muiža (Klein-Elley, Mazeleja).
Elejas muiža 16. gadsimta beigās pieminēta kā Kurzemes hercoga padomnieka G. fon Tīzenhauzena īpašums. No 1716. gada muiža piederēja fon Bēru dzimtai, bet no 1753. gada Mēdemu dzimtai.
1866. gada pagastu pašvaldību reformas laikā 1867. gadā izveidoja Elejas pagastu.
Pēc 1920. gada zemes reformas Elejas muižu sadalīja 150 vienībās, Bērzvircavas muižu 20 vienībās, Audruves muižu 16 vienībās, Briežu muižu 18 vienībās, Sesavas mācītājmuižu 22 vienībās.
1935. gadā pagasta platība bija 78,9 km². 1945. gadā pagastā izveidoja Elejas un Meitenesciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. 1950. gadā Eleja ieguva strādnieku ciemata statusu. 1954. gadā Meitenes ciemu pievienoja Elejas ciemam, bet daļu Elejas ciema pievienoja Lielplatones ciemam. 1957. gadā Elejas ciemu pievieno Elejai kā strādnieku ciemata lauku teritoriju, kurai 1963. gadā pievienota Lielplatones ciema kolhoza "Gaisma" teritorija. 1977. gadā daļa teritorijas pievienota Sesavas ciemam.[4] 1990. gadā Eleja zaudēja pilsētciemata statusu un kopā ar lauku teritoriju tika reorganizēta par pagastu.[5] 2009. gadā pagasts kā administratīvā teritorija tika iekļauts Jelgavas novadā.