Dzimis Ingolštatē, universitātes pasniedzēja ģimenē. 1768. gadā kā tiesību doktors pabeidza Ingolštates Universitāti un kļuva par šīs universitātes profesoru. Kļuva par Kanta filozofijas oponentu. 1776. gadā kopā ar domubiedriem nodibināja iluminātu biedrību. 1784. gadā Bavārijas kūrfists Kārlis Teodors biedrību aizliedza un Veishaupts bija spiests doties trimdā. Ar Saksijas-Koburgas un Gotas hercoga Ernesta II atbalstu līdz mūža beigām dzīvoja Gotā, propagandēdams savus uzskatus.