Klubas įkurtas 2012 m., o iki tol Čairo rajone gyvavo kitas klubas – Sloga Jugomagnat, iš kurio „kildinamas“ dabartinis klubas.
2009–2010 m. Makedonijoje net trys klubai buvo pašalinti iš Pirmos lygos (I pakopa) už papirkinėjimus ir rezultatų įtakojimus. Vienas iš jų buvo FK Sloga Jugomagnat Skopje. Kai FK Sloga Jugomagnat Skopje 2012 m. susijungė su kitu klubu FC Albarca, tada FK Sloga Jugomagnat Skopje nustojo gyvuoti. Susikūrė naujas klubas su „švaria“ istorija.
2022–2023 m. sezone liko antroje vietoje. Pateko į 2023–2024 m. Konferencijų lygos atrankos turnyrą. Burtai lėmė, kad „Shkupi“ klubo varžovais tapo Kauno rajono FC Hegelmann. Pirmame atrankos etape pirmosios komandų rungtynės vyko 2023 m.liepos 13 d. Kaune, o liepos 20 d. atsakomosios rungtynės numatytos Šiaurės Makedonijoje.[1] Kaune Shupi sutriuškino varžovus rezultatu 5:0.[2][3] Net keturis įvarčius pelnė jamaitietis Renaldo Cephas.
Atsakomosios rungtynės įvyko 2023 m.liepos 20 d. Makedonijoje ir baigėsi nulinėmis lygiosiomis.[4] Bendras dviejų rungtynių rezultatas buvo 5:0 „Shkupi“ naudai, tad jie pateko į kitą etapą, o FC Hegelmann baigė pasirodymą Europoje.[5]